您好，关于您提出的“员工入职查乙肝是否违法”的问题，我可以给您一个详细且清晰的解答。

首先，我们需要明确的是，在大多数情况下，用人单位在员工入职时将乙肝病毒血清学指标作为体检标准是违法的。这一规定主要依据的是《就业服务与就业管理规定》中的相关条款，具体来说，就是该规定的第六十八条。

这条规定明确指出，除非是在法律、法规和国务院卫生行政部门规定的禁止乙肝病原携带者从事的工作岗位上，否则用人单位在招用人员时，不得将乙肝病毒血清学指标作为体检标准。如果用人单位违反了这一规定，劳动保障行政部门将有权责令其改正，并可以处以一千元以下的罚款。如果这一行为对当事人造成了损害，用人单位还需要承担相应的赔偿责任。

那么，为什么会有这样的规定呢？这主要是出于保护乙肝病原携带者的就业权益，避免他们因为乙肝病毒携带状态而受到不公平的就业歧视。乙肝病毒携带者并不等同于乙肝患者，他们中的很多人肝功能正常，并不影响正常的工作和生活。因此，将乙肝病毒血清学指标作为入职体检的标准，不仅缺乏科学依据，也违反了公平就业的原则。

当然，也有一些特殊情况需要注意。比如，对于某些特定的职业岗位，如食品加工、幼教等，由于这些岗位对卫生条件有较高的要求，法律、法规和国务院卫生行政部门可能会规定禁止乙肝病原携带者从事。在这种情况下，用人单位在招用人员时，将乙肝病毒血清学指标作为体检标准就是合法的。

总的来说，除非是在法律、法规和国务院卫生行政部门明确规定的禁止乙肝病原携带者从事的工作岗位上，否则用人单位在员工入职时进行乙肝病毒血清学指标检测是违法的。如果您在入职过程中遇到了这样的情况，可以向当地的劳动保障行政部门进行投诉和举报，以维护自己的合法权益。

希望这个解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。