结论：原判决对合同整体作出有效认定后，当事人仍然可以就部分条款提出无效之诉，但需满足一定条件，且可能面临一些法律上的挑战。

分析：

1. 合同整体有效与部分条款无效的关系：

   • 合同的整体有效性并不意味着其所有条款都必然有效。合同中可能包含一些违反法律、行政法规的强制性规定，或者违背公序良俗的条款，这些条款是无效的，即使合同整体被认定为有效。
   • 因此，即使原判决对合同整体作出了有效认定，当事人仍然有权就合同中的部分条款提出无效之诉。

2. 提出无效之诉的条件：

   • 当事人需要提供充分的证据证明所争议的条款存在无效情形，如违反法律、行政法规的强制性规定，或者违背公序良俗等。
   • 当事人需要在法定的诉讼时效期间内提出无效之诉，否则可能会丧失胜诉权。

3. 可能面临的法律挑战：

   • 既判力问题：原判决对合同整体的有效性认定可能具有一定的既判力，即该判决对后续诉讼具有约束力。然而，既判力通常只及于判决主文，对于判决理由中的部分，一般不具有既判力。因此，当事人可以就合同中的部分条款提出无效之诉，但需要证明该条款与原判决主文无关，或者原判决未对该条款的有效性进行明确认定。
   • 诉讼策略选择：在提出无效之诉时，当事人需要谨慎选择诉讼策略。如果直接挑战原判决的整体有效性，可能会面临较高的诉讼风险和成本。而如果仅就部分条款提出无效之诉，则可能更容易获得法院的支持。

4. 实际操作建议：

   • 充分准备证据：当事人在提出无效之诉前，应充分准备相关证据，以证明所争议的条款存在无效情形。
   • 咨询专业律师：由于合同纠纷和无效之诉涉及复杂的法律问题，当事人在提出诉讼前应咨询专业律师，以获取更准确的法律意见和诉讼策略建议。
   • 注意诉讼时效：当事人应在法定的诉讼时效期间内提出无效之诉，以免丧失胜诉权。

举例说明： 假设甲乙双方签订了一份买卖合同，合同中包含了一条“乙方需在合同签订后一年内支付全部货款，否则需支付高额违约金”的条款。后来，甲方以乙方未按时支付货款为由提起诉讼，法院判决合同整体有效，并要求乙方支付货款及一定数额的违约金。然而，乙方认为该违约金条款过高，违反了法律的相关规定，因此想要就该条款提出无效之诉。在这种情况下，乙方可以准备相关证据（如法律条文、类似案例等）来证明该违约金条款无效，并在法定的诉讼时效期间内向法院提起诉讼。

总结与建议： 原判决对合同整体作出有效认定后，当事人仍然可以就部分条款提出无效之诉。但在此过程中，当事人需要充分准备证据、谨慎选择诉讼策略，并注意诉讼时效问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。