在行政案件立案后，若发现其他违法行为，处理方式需根据具体情况来分析，以下是详细说明：
若新发现的违法行为与已立案的违法行为存在关联：
- 合并处理：如果新发现的违法行为与已立案的违法行为在事实、法律关系或处理程序上存在紧密联系，行政机关可以考虑将两者合并处理。这有助于全面、高效地解决相关问题，避免重复劳动和资源浪费。
- 补充调查：在合并处理的情况下，行政机关可能需要对新发现的违法行为进行补充调查，以收集足够的证据来支持处理决定。
若新发现的违法行为与已立案的违法行为无直接关联：
- 分别立案：如果新发现的违法行为与已立案的违法行为在事实、法律关系或处理程序上相对独立，行政机关应当分别立案处理。这有助于确保每个违法行为都能得到适当的审查和处理。
- 遵循法定程序：对于新发现的违法行为，行政机关需要遵循法定的立案、调查、审查、决定等程序，确保处理决定的合法性和公正性。
考虑处理时限和效率：
- 并行处理：在资源允许的情况下，行政机关可以尝试并行处理已立案的违法行为和新发现的违法行为，以加快处理进度，提高效率。
- 优先处理：如果新发现的违法行为更为严重或紧迫，行政机关可以考虑优先处理该违法行为，以确保公共利益和社会秩序得到及时维护。
保障当事人权益：
- 通知与听证：在处理新发现的违法行为时，行政机关应当确保当事人的知情权、参与权和申辩权得到充分保障。如果处理决定可能对当事人的权益产生重大影响，行政机关应当依法通知当事人并举行听证。
- 复议与诉讼：当事人对行政机关的处理决定不服的，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。
在实际操作中，行政机关应当根据具体情况灵活处理，确保每个违法行为都能得到及时、公正、有效的处理。如果您在行政案件处理过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。