关于参照合作协议用单一来源采购是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况来综合判断。以下是我从不同角度为你进行的分析：

1. 合作协议的内容与性质：

   • 首先，要审视合作协议中是否有关于采购方式的明确约定。如果协议中明确规定了可以采用单一来源采购，并且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么参照合作协议进行单一来源采购在合同层面是合法的。
   • 然而，如果合作协议中没有明确约定采购方式，或者约定的采购方式与单一来源采购不符，那么就不能简单地参照合作协议进行单一来源采购。

2. 单一来源采购的法定条件：

   • 根据相关法律法规，单一来源采购通常适用于特定情形，如只能从唯一供应商处采购、发生了不可预见的紧急情况不能从其他供应商处采购等。
   • 如果不符合这些法定条件，即使合作协议中有相关约定，也可能因违反法律法规而无效。因此，在决定采用单一来源采购前，必须仔细审查是否满足法定条件。

3. 公平竞争与透明度原则：

   • 采购活动应当遵循公平竞争和透明度原则。单一来源采购由于缺乏竞争，可能引发利益输送、腐败等问题。
   • 因此，即使合作协议中有相关约定，也应当确保采购过程的公开、公平、公正，避免损害其他潜在供应商的利益。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 在实际操作中，如果决定采用单一来源采购，应当详细记录采购过程、决策依据等，以备后续审计和监管。
   • 同时，应当与供应商进行充分沟通，确保采购价格合理、质量可靠，并签订详细的采购合同，明确双方的权利和义务。

法律建议：

• 在决定参照合作协议进行单一来源采购前，务必仔细审查合作协议的内容、单一来源采购的法定条件以及公平竞争与透明度原则。
• 如果不确定是否符合法定条件或存在法律风险，建议咨询专业律师或相关机构进行评估和指导。
• 在实际操作中，应当确保采购过程的合法性和合规性，避免引发不必要的法律纠纷。

可能后果：

• 如果未经合法程序擅自采用单一来源采购，可能面临被监管部门处罚、采购合同无效等法律后果。
• 同时，还可能损害企业声誉和信誉，影响与其他供应商的合作关系。

综上所述，参照合作协议用单一来源采购是否合法，需要根据具体情况来综合判断。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。