结论：股东方派驻的副总经理，若其劳动关系不在本公司，公司一般不能直接对其进行停职处理，但具体还需根据双方协议、公司章程以及实际管理情况来判断。以下从不同角度进行详细分析：

1. 劳动关系与停职权的关系：

   • 停职通常是对公司正式员工的一种管理措施，它基于公司与员工之间的劳动关系存在。若副总经理的劳动关系不在本公司，即其并非本公司的正式员工，那么公司直接对其进行停职处理可能缺乏法律依据。
   • 从劳动法的角度来看，停职可能涉及到对员工权益的限制或剥夺，因此必须基于合法的劳动关系和明确的合同条款或公司规章制度。

2. 双方协议与公司章程的考量：

   • 如果股东方与公司之间有明确的协议，或者公司章程中有相关规定，允许公司在特定情况下对派驻的副总经理进行停职处理，那么公司可能依据这些协议或章程进行操作。
   • 但这种情况下，协议或章程的条款必须合法、合理，且不得违反劳动法的相关规定。否则，这些条款可能被视为无效，公司也不能依据它们进行停职处理。

3. 实际管理情况的影响：

   • 在实际操作中，如果副总经理虽然劳动关系不在本公司，但其实际工作、管理权限等均在本公司，且双方存在事实上的劳动关系或类似关系，那么公司可能在一定程度上拥有对其的管理权。
   • 然而，这种管理权并不等同于正式的停职权。如果公司希望对副总经理进行停职处理，最好还是通过协商、调整劳动关系或修改相关协议等方式来实现。

4. 法律后果与风险：

   • 如果公司未经合法程序直接对劳动关系不在本公司的副总经理进行停职处理，可能面临法律纠纷和赔偿风险。副总经理可能依据劳动法或其他相关法律法规，要求公司恢复其职务、支付赔偿金等。
   • 因此，公司在处理此类问题时，应谨慎行事，确保所有操作均符合法律法规和双方协议的规定。

建议：

• 对于股东方派驻的副总经理，如果其劳动关系不在本公司，公司应与其明确双方的权利和义务，包括管理权限、停职条件等，并通过协议或公司章程等形式固定下来。
• 在实际操作中，公司应尽量避免直接对劳动关系不在本公司的副总经理进行停职处理，而是通过协商、调整劳动关系或修改相关协议等方式来解决问题。
• 如果公司确实需要对副总经理进行停职处理，且双方协议或公司章程中有相关规定，那么公司应确保这些规定合法、合理，并严格按照规定程序进行操作。

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