在工伤期间，公司已经发放了工资，员工获得工伤赔偿后，这部分工资通常不会被扣除。以下是对这一问题的详细解释：

一、工伤赔偿与工资发放的性质

1. 工伤赔偿：这是员工因工作受伤后，根据《工伤保险条例》等相关法律法规，从工伤保险基金或用人单位处获得的补偿。它旨在弥补员工因工伤造成的经济损失，包括医疗费、停工留薪期工资、一次性伤残补助金等。

2. 工资发放：在工伤停工留薪期内，用人单位应按照原工资福利待遇按月支付员工工资。这是员工的合法劳动报酬，与工伤赔偿是两个独立的法律关系。

二、工资与工伤赔偿的关系

1. 不重复享受：虽然工资和工伤赔偿是两个独立的法律关系，但员工在享受工伤赔偿时，并不意味着可以重复获得与工资相同的经济补偿。然而，在实际操作中，由于工资是员工在停工留薪期内的合法收入，而工伤赔偿是针对工伤造成的损失进行的补偿，因此两者并不冲突，也不会相互扣除。

2. 工资发放的持续性：在工伤停工留薪期内，用人单位应继续支付员工工资，直至停工留薪期满或员工被评定为伤残等级并享受相应的伤残待遇。这意味着，即使员工获得了工伤赔偿，其工资发放也不会因此受到影响。

三、特殊情况下的处理

1. 用人单位未依法支付工资：如果用人单位在工伤停工留薪期内未依法支付员工工资，员工有权要求用人单位补发工资，并可以依法向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

2. 工伤赔偿与工资的差额：在某些情况下，工伤赔偿中的停工留薪期工资可能与员工实际获得的工资存在差额。这通常是由于计算方式、标准或时间上的差异导致的。然而，这种差额并不意味着需要从工伤赔偿中扣除已发放的工资。相反，如果工伤赔偿中的停工留薪期工资低于员工实际工资，员工有权要求用人单位补足差额。

四、法律建议

1. 保留相关证据：员工应妥善保留与工伤相关的所有证据，包括医疗证明、工资单、工伤认定决定书等。这些证据在后续申请工伤赔偿或处理工资纠纷时将起到关键作用。

2. 及时咨询专业律师：如果员工在工伤赔偿或工资发放方面遇到任何问题或纠纷，应及时咨询专业律师以获取法律帮助。作为专注于工伤赔偿领域的律师，我可以为你提供详细的法律解释和实用的法律建议。

3. 了解自身权益：员工应了解自己在工伤期间的合法权益，包括获得工伤赔偿和停工留薪期工资的权利。如果用人单位侵犯了这些权益，员工应勇敢站出来维护自己的合法权益。