针对您提出的“虚开增值税专用发票案件单位犯罪，税款怎么补”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，必须明确的是，虚开增值税专用发票是严重的违法行为，它不仅违反了国家税收法规，还会对国家税收造成直接损失，并严重破坏市场经济秩序。因此，一旦发现存在此类行为，单位应立即停止并主动纠正，同时积极配合税务机关的调查工作。
关于税款的补缴，具体步骤如下：
计算应补缴税款：
- 单位需要根据虚开的增值税专用发票上注明的税额，准确计算出应补缴的增值税税款。这通常涉及到对发票的详细审查，包括发票的开具时间、金额、税率等信息。
- 除了增值税税款外，单位还需要考虑是否需要补缴相关的附加税费，如城市维护建设税、教育费附加等。
主动补缴税款及滞纳金：
- 单位应及时向主管税务机关申报并补缴相应的税款。在补缴税款的同时，还需要根据《中华人民共和国税收征收管理法》的规定，按日加收万分之五的滞纳金。
- 滞纳金的计算是从税款滞纳之日起开始，直到税款实际缴纳之日止。因此，单位应尽快完成税款的补缴，以减少滞纳金的产生。
配合税务机关调查并提供证据：
- 在税务机关进行调查时，单位应如实陈述虚开行为的详细情况，包括虚开的时间、金额、目的等，不得隐瞒或提供虚假信息。
- 同时，单位还需要主动提供与虚开行为相关的证据材料，如合同、资金往来记录、发票存根联等，以协助税务机关查明事实真相。
争取从轻处罚：
- 根据《中华人民共和国刑法》及相关司法解释的规定，如果单位具有自首、立功、积极补缴税款等情节的，可以从轻或减轻处罚。
- 因此，单位在补缴税款后，应积极与税务机关沟通，表现出积极整改的态度，并争取获得从轻处罚的机会。
额外建议：
- 单位应加强内部控制和管理，完善财务管理制度，确保开具和接收的增值税专用发票都是真实、合法、有效的。这可以通过建立严格的发票审核机制、加强员工培训等方式来实现。
- 单位还应定期进行税务自查，及时发现并纠正可能存在的税务问题，以避免类似虚开增值税专用发票的行为再次发生。
总之，虚开增值税专用发票是严重的违法行为，单位应立即停止并纠正此类行为，同时积极配合税务机关的调查工作，及时补缴税款及滞纳金，并争取从轻处罚。希望以上解答能对您有所帮助。