独资有限公司签署的股东协议书，即使法人不报工商存档，该协议在符合法定生效条件的情况下仍然是有效的。以下从不同角度进行详细分析：
一、协议生效的法定条件
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为（包括签订协议）的生效需满足以下条件：
- 行为人具有相应的民事行为能力：即签署协议的股东或法人代表需具备完全民事行为能力，能够独立进行民事活动。
- 意思表示真实：协议内容需是各方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形。
- 不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗：协议内容需合法合规，不得违反国家法律法规的强制性规定，也不得违背社会公德和公共秩序。
只要股东协议书满足上述条件，即使未报工商存档，也不影响其法律效力。
二、工商存档的作用与影响
工商存档主要是为了公示和备案的目的，便于公众查询和了解公司的相关信息。虽然工商存档不是协议生效的必要条件，但它具有以下重要作用：
- 公示效力：工商存档后的协议具有对外公示的效力，可以对抗第三人。即如果协议内容涉及公司股权结构、股东权利义务等关键信息，且已工商存档，那么这些信息在对外交易或纠纷处理中将被视为公司真实情况的反映。
- 证据效力：在发生纠纷时，工商存档的协议可以作为证据使用，证明各方之间的权利义务关系。未工商存档的协议，虽然同样具有法律效力，但在举证时可能需要提供其他证据来佐证其真实性。
三、未工商存档可能带来的风险
尽管未工商存档的股东协议书在法律上仍然有效，但可能带来以下风险：
- 举证困难：在发生纠纷时，如果协议未工商存档，可能需要提供其他证据来证明协议的真实性和内容。这可能会增加举证的难度和成本。
- 对抗第三人效力受限：未工商存档的协议在对外交易或纠纷处理中，可能无法直接对抗第三人。例如，如果公司股权发生转让，受让人可能因不知悉未存档的协议内容而主张自己的权益。
四、建议与措施
为了降低风险并保障各方权益，建议采取以下措施：
- 及时工商存档：在签署股东协议书后，应及时向工商行政管理部门申请备案登记，以确保协议的公示效力和对抗第三人效力。
- 完善协议内容：在签署协议时，应确保协议内容完整、明确、合法合规，并明确约定各方的权利义务和违约责任等条款。
- 保留相关证据：除了工商存档外，还应保留协议签署过程中的相关证据，如会议记录、签字样本等，以备不时之需。
综上所述，独资有限公司签署的股东协议书即使未报工商存档，在符合法定生效条件的情况下仍然是有效的。但为了降低风险并保障各方权益，建议及时工商存档并完善协议内容。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。