关于国土部门没收的违法建筑如何处理的问题，这是一个涉及多个环节和法律法规的严谨过程。以下是对此问题的详细解答：

一、调查与认定违法建筑

1. 立案调查：国土部门或其他相关执法部门在发现或接到违法建筑的举报后，会进行立案调查。这一步骤是确认建筑是否违法的起点。

2. 调查取证：执法人员会进行全面调查，收集包括实地勘测、询问当事人、调取规划审批文件等在内的证据。这些证据将用于后续对建筑是否违法的认定。

3. 认定违法：根据收集的证据和相关法律法规，如《中华人民共和国城乡规划法》和《中华人民共和国土地管理法》，执法部门会对建筑物是否属于违法建筑进行正式认定。未取得建设工程规划许可证或未按许可规定建设的，均被视为违法建筑。

二、作出没收决定

1. 告知与听证：在作出没收决定前，执法部门必须书面通知当事人，明确告知拟作出决定的事实、理由、依据，并赋予当事人陈述、申辩和申请听证的权利。这是保障当事人合法权益的重要环节。

2. 作出决定：综合考虑当事人陈述、申辩及听证情况，执法部门会依法作出没收违法建筑物的书面决定。决定书会详细载明违法建筑的具体情况、没收的依据和理由，以及当事人的救济途径。

三、执行没收程序

1. 公告与送达：没收决定作出后，执法部门会进行公告，并确保决定书依法送达当事人。这是增强执法透明度和公信力的必要步骤。

2. 实际执行与移交：执法部门会组织执行没收工作，包括实际接管建筑物、办理产权变更或注销手续等。执行完毕后，建筑物将移交给相关部门进行后续管理或处置。

四、后续处置与监管

1. 合理利用或处置：

   • 用于公益事业：对于符合规划且结构安全的没收建筑物，可以优先考虑将其用于公益事业，如社区服务中心、文化活动站等。
   • 纳入国有资产管理：对于具有经济价值但暂时无法直接利用的没收建筑物，可以将其纳入国有资产管理范畴，通过出租、出售等方式实现资产保值增值。
   • 拆除与复垦：对于不符合规划要求、存在安全隐患或严重影响城市形象的没收建筑物，应及时予以拆除，并按照规划要求进行复垦或绿化。
   • 其他合理利用方式：根据实际情况，还可以探索将没收建筑物用于保障性住房、临时安置点等其他合理利用方式。

2. 监督与管理：

   • 建立健全监督管理机制，对没收建筑物的处置和利用情况进行持续跟踪监督。
   • 定期检查和评估，防止擅自改变用途等违法行为的发生。

在整个处理过程中，当事人的合法权益应得到充分保障，他们有权进行陈述、申辩和要求听证。同时，执法部门也必须严格遵循法律法规，确保决定的合法性和合理性，以及程序的公正性和透明度。具体操作流程和细节可能因地区、案件性质等因素而有所不同，因此在实际操作中应参照当地的相关法规和规定执行。