核心结论：工伤停工留薪期只发底薪的做法不符合法律规定，两年后若涉及工资差额追偿或工伤待遇争议，需根据具体情况主张权利。以下分情况说明：

1. 停工留薪期工资标准：法律明确规定“原工资福利待遇不变”

根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工伤暂停工作接受治疗的期间（即停工留薪期），用人单位应按原工资福利待遇按月支付，而非仅发放底薪。这里的“原工资福利待遇”通常包括：

• 基本工资（即合同约定的底薪）；
• 奖金、津贴、补贴等固定收入；
• 加班费、绩效工资等浮动收入（若能证明属于“常规性收入”）。

若单位仅发底薪，属于克扣工资，劳动者有权要求补足差额，并可主张经济补偿（具体需结合地方规定）。

2. 两年后主张权利的可行性：需关注时效与证据

• 时效问题：
  根据《劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效为1年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算。但若劳动者在停工留薪期内持续主张权利（如通过书面沟通、投诉等），时效可能中断并重新计算。
  若两年内未主张，可能面临时效抗辩，但若能证明单位存在恶意拖欠或劳动者不知情（如未收到工资条、未被告知权利），仍可能获得支持。

• 证据收集：
  需提供以下证据证明单位未足额支付：

  • 劳动合同（证明原工资标准）；
    
  • 工资条、银行流水（显示停工留薪期实际发放金额）；
    
  • 工伤认定书、停工留薪期确认文件（证明期间合理性）；
    
  • 与单位沟通记录（如邮件、聊天记录，证明曾主张权利）。

3. 两年后的处理路径

• 协商：
  可先与单位协商补足差额，明确法律依据（如引用《工伤保险条例》第三十三条），并保留书面协商记录。

• 投诉：
  向当地劳动监察大队投诉，要求查处单位违法行为。劳动监察部门可责令单位限期支付，逾期不付可加付赔偿金（《劳动合同法》第八十五条）。

• 仲裁/诉讼：
  若协商、投诉无果，可在1年时效内申请劳动仲裁，主张：

  • 补足停工留薪期工资差额；
    
  • 50%-100%加付赔偿金（若单位经劳动行政部门责令仍不支付）；
    
  • 其他工伤待遇（如医疗费、护理费等，若未报销）。

4. 特殊情形：单位已支付部分待遇的认定

若单位在停工留薪期内支付了部分费用（如生活费、补助），需区分性质：

• 若明确为“工资”但低于原标准，仍可主张差额；
  
• 若为“借款”或“福利”，可能不影响工资差额主张，但需结合具体证据判断。

建议：尽快整理证据（如工资条、工伤认定书等），向单位书面主张权利并留存凭证。若单位拒绝，可在1年内申请劳动仲裁。如有疑问，可进一步提供细节，我会为您分析具体方案。