在起诉“小三”的案件中，是否可以申请调查令，需根据具体案情和诉讼目的来综合判断，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：

一、调查令的申请条件与目的

调查令是法院为查明案件事实，根据当事人的申请，向其委托的律师签发的，用于调查收集特定证据的法律文书。其核心目的在于帮助当事人获取因客观原因无法自行收集的证据。在婚姻家庭纠纷中，若起诉“小三”涉及财产分割、损害赔偿等诉求，且相关证据（如财产转移记录、不当往来证据等）由第三方持有，当事人无法自行获取时，理论上可以申请调查令。

二、起诉“小三”的常见情形与调查令的适用

1. 以“重婚”为由起诉：

   • 若以“小三”构成重婚罪为由提起刑事自诉，或作为离婚诉讼中的过错方主张损害赔偿，需证明“小三”与配偶存在持续、稳定的同居关系，甚至以夫妻名义共同生活。
   • 此时，若相关证据（如邻居证言、共同生活痕迹、公开场合的亲密行为记录等）由第三方持有，可申请调查令调取。但需注意，刑事案件中的证据收集需严格遵循刑事诉讼程序，调查令的适用可能受到一定限制。

2. 以“侵犯配偶权”或“财产侵害”为由起诉：

   • 若主张“小三”侵犯配偶权（如名誉权、隐私权等）或非法侵占、转移夫妻共同财产，需提供相应证据。
   • 对于财产类证据（如银行流水、房产交易记录、贵重物品购买凭证等），若由银行、不动产登记中心等第三方机构持有，可申请调查令调取。但需明确具体调查目标，且证据需与案件具有直接关联性。

三、申请调查令的注意事项

1. 证据关联性：申请调查令前，需明确调查目标与案件的关联性，避免滥用调查权。法院对调查令的签发具有严格审查标准，若证据与案件无关或调查目的不明确，可能被拒绝。

2. 律师代理：调查令通常需由律师代为申请，且律师需具备相应执业资格。因此，在起诉“小三”的案件中，若需申请调查令，建议委托专业律师代理。

3. 遵守法律程序：在调查过程中，需严格遵守法律程序，不得侵犯他人合法权益（如隐私权、商业秘密等）。否则，可能面临法律责任。

四、实际操作建议

1. 收集初步证据：在申请调查令前，尽量收集一些初步证据（如聊天记录、照片、视频等），以证明“小三”的存在及与配偶的不当关系。这些证据有助于说服法院签发调查令。

2. 明确调查目标：在申请调查令时，需明确具体调查目标（如某银行的某时间段内的流水记录、某房产的登记信息等），并提供相关线索（如账号、房产地址等）。

3. 咨询专业律师：由于起诉“小三”的案件涉及复杂法律关系和证据收集问题，建议咨询专业律师，以制定合适的诉讼策略并申请调查令。

总结来说，起诉“小三”时是否可以申请调查令，需根据具体案情和诉讼目的来判断。若涉及财产分割、损害赔偿等诉求，且相关证据由第三方持有无法自行获取时，可考虑申请调查令。但需注意证据关联性、律师代理及法律程序等问题。如有进一步疑问或需具体法律帮助，请直接向我咨询。