当您的电瓶车因装有车棚被交警扣留时，您可以按照以下步骤来处理这一问题：
一、保持冷静，明确扣车原因
首先，面对交警的执法行为，请保持冷静，不要与交警产生冲突。您可以直接向执法交警询问扣车的具体原因，通常是因为电瓶车加装车棚改变了车辆原有的结构和设计，可能影响行车安全，这违反了《中华人民共和国道路交通安全法》及其实施条例的相关规定。
二、准备必要材料，配合交警处理
接下来，您需要准备一些必要的材料以便配合交警处理，这些材料包括：
在交警部门，您需要如实陈述事实，接受交警关于交通安全法规和拆除违规装置必要性的教育，并提交上述准备好的材料。
三、接受处罚与教育
根据违法行为的严重程度，交警可能会对您进行罚款等处罚。请您按照规定接受处罚，并缴纳相应的罚款。罚款缴纳方式通常有多种，包括前往指定银行缴纳、通过线上交通管理平台缴纳等，请务必在规定期限内完成缴纳，以免产生滞纳金。同时，认真听取交警的交通安全教育，增强交通安全意识，认识加装车棚的危害性。
四、申请取回被扣留车辆
在接受处罚后，您可以向交警部门申请取回被扣留的电瓶车。申请时，请携带有效身份证件、车辆相关证件以及交警部门开具的处罚决定书等相关材料。交警部门在核实您的身份和车辆信息无误后，会依法办理车辆放行手续。您需按照规定的程序办理取车手续，并支付可能产生的相关费用（如压车费、拖车费等）。
五、后续注意事项与安全建议
取回电瓶车后，请您务必遵守交通法规，不得再次擅自加装车棚等非法改装设备。在雨天骑行时，可以选择穿着雨衣等防水装备来避雨，确保自身安全。如果您对交警部门的处理结果有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。
总之，面对电瓶车因装有车棚被交警扣留的情况，关键在于保持冷静、积极配合交警处理、接受相应处罚和教育、按规定程序取回车辆，并自觉遵守交通法规以确保行车安全。