结论前置：公司加班工资按照最低基本工资来计算是不合法的，加班工资的计算基数应当依据劳动合同的约定或实际工资来确定，且不得低于当地最低工资标准，但也不得畸低于劳动者正常工作时间工资标准。

法律依据与详细解释

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，用人单位在安排劳动者延长工作时间、休息日工作且不能补休、以及法定休假日工作时，需支付高于正常工作时间工资的工资报酬，具体标准分别为不低于工资的150%、200%和300%。这一规定明确了加班工资的支付标准和计算方式。

关于加班工资的计算基数，应遵循以下原则：

1. 劳动合同优先原则：

   • 如果劳动合同中明确约定了工资数额，加班费应以该约定的工资作为计算基数。
   • 若劳动合同中的工资项目细分为“基本工资”、“岗位工资”、“职务工资”等，则应将各项工资的总和作为加班费的计算基数，而非仅以“基本工资”为准。

2. 实际工资原则：

   • 在劳动合同未明确约定工资数额或约定不明确的情况下，应以劳动者的实际工资作为加班费的计算基数。这里的实际工资包括用人单位直接支付给劳动者的工资、奖金、津贴、补贴等（但不含加班费、伙食补助和劳动保护补贴）。

3. 最低工资标准保障原则：

   • 加班费计算基数不得低于当地最低工资标准，这是法律对劳动者工资权益的最低保障。但同时，该基数也不应畸低于劳动者正常工作时间工资标准，否则将违反法律法规的规定。

不合法情形举例

以一名月工资为5000元的员工为例，假设其劳动合同未对加班费计算基数另有约定，且当地最低工资标准为2000元。若公司试图按照最低工资标准2000元来计算该员工的加班费，这显然是不合法的。正确的做法应该是以该员工的正常出勤月工资5000元为基数来核算加班费。

劳动者的维权途径

如果劳动者发现公司存在按最低工资标准计算加班费这一不合法行为，可以采取以下措施维护自己的合法权益：

1. 协商沟通：首先尝试与公司进行协商，要求其按照正确的计算基数支付加班费。
2. 投诉举报：若协商无果，可以向当地的劳动保障监察部门进行投诉，由相关部门责令公司改正并支付相应费用。
3. 申请劳动仲裁：在必要时，劳动者还可以申请劳动仲裁，通过法律途径要求公司补足加班费差额，甚至在符合条件的情况下主张相应的经济补偿。

特殊情况说明

虽然加班费计算基数不得低于当地最低工资标准，但并不意味着公司可以随意以最低工资标准作为加班费的计算基数。如果以最低工资标准为基数计算出的加班费低于以正常工作时间工资为基数计算得出的法定最低加班费数额，则这种约定仍然是不合法的。

综上所述，公司加班工资按照最低基本工资来计算是不合法的。劳动者在遇到此类问题时，应积极维护自己的合法权益，通过协商、投诉或申请劳动仲裁等途径来解决问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。