结论：父母在事业单位劳务派遣档案中填写实际用工单位，一般情况下不会有负面影响，但需根据具体情况和派遣协议内容来判断。以下从多个角度进行分析：
劳务派遣的基本法律关系：
- 在劳务派遣关系中，存在三方主体：劳务派遣单位（即用人单位）、实际用工单位和被派遣劳动者。劳务派遣单位与被派遣劳动者签订劳动合同，建立劳动关系，并将劳动者派遣至实际用工单位工作。
- 档案作为记录劳动者工作经历、学历、职称等重要信息的文件，其填写应准确反映劳动者的实际工作情况。在劳务派遣关系中，填写实际用工单位作为工作经历的一部分，是符合实际情况的。
档案填写对劳动者的影响：
- 正面影响：准确填写实际用工单位有助于劳动者在未来的职业发展中，如求职、晋升等，提供完整的工作经历证明。这有助于用人单位更全面地了解劳动者的工作背景和能力。
- 负面影响：如果档案填写存在不实或误导性信息，可能会对劳动者的信誉造成损害，进而影响其职业发展。但在本题中，填写实际用工单位是真实情况的反映，因此通常不会产生负面影响。
派遣协议与档案填写的关系：
- 劳务派遣单位与实际用工单位之间会签订劳务派遣协议，明确双方的权利和义务。协议中可能会涉及档案管理的相关条款，如档案的保管、转递等。
- 如果派遣协议中明确规定了档案应如何填写，那么劳动者和劳务派遣单位应遵守协议约定。但通常情况下，派遣协议不会限制档案中填写实际用工单位的信息。
特殊情况下的考虑：
- 如果实际用工单位与劳务派遣单位之间存在某种特殊关系（如关联企业），或者派遣协议中有特殊约定（如要求档案中不体现实际用工单位信息），那么可能需要根据具体情况来判断档案填写的影响。
- 另外，如果劳动者在多个实际用工单位之间频繁流动，且每次流动都涉及档案的转递和填写，那么需要确保档案的连续性和准确性，避免出现信息断裂或矛盾的情况。
建议：
- 在填写档案时，应确保信息的真实性和准确性，如实反映劳动者的工作经历。
- 如果对档案填写有疑问或不确定的地方，可以咨询劳务派遣单位或实际用工单位的人力资源部门，以获取更具体的指导。
- 如果遇到档案填写与派遣协议或相关法律法规相冲突的情况，应及时与相关方沟通协商，寻求解决方案。
如有任何关于劳务派遣或档案管理的法律问题，都可以直接向我咨询。