公司调整保密工资制度的合法性，主要取决于调整的方式、内容以及是否遵循了相关法律法规和劳动合同的约定。以下是对此问题的详细分析：
合法调整保密工资的情形
劳动合同或规章制度中有明确约定：
- 如果劳动合同或公司依法制定的规章制度中，已经明确规定了工资调整的条件和程序，并且公司按照这些条件和程序进行操作，那么这种调整是合法的。例如，合同中可能约定根据公司经营效益或员工工作表现调整工资，且调整过程符合合同约定的具体条款。
与员工协商一致：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，公司与员工可以协商一致变更劳动合同内容，包括工资待遇。因此，任何工资调整都应与员工进行充分协商，并签订书面变更协议。如果公司能够与员工就保密工资的调整达成一致意见，并签订书面协议，那么这种调整是合法的。
基于合理理由的调整：
- 如果公司因市场变化、经营困难等合理理由需要调整工资，且调整过程遵循了法定程序，如经过民主程序制定调整方案，并向员工进行了公示或告知，那么这种调整也是合法的。但需要注意的是，调整后的工资不得低于当地最低工资标准。
不合法调整保密工资的情形
无故单方面降薪：
- 公司在没有合理理由和依据的情况下，单方面降低员工工资是不合法的。工资作为劳动合同的重要条款，未经员工同意不得随意变更。如果公司未经员工同意擅自调整保密工资，可能构成违法降薪。
违反同工同酬原则：
- 即使存在工资保密制度，不同劳动者之间依然享有同工同酬的权利。如果公司利用保密工资制度来掩盖同工不同酬等不公平现象，那么这种调整是不合法的。它违反了法律规定的公平原则，侵害了员工的合法权益。
未履行法定程序：
- 即使公司有调整工资的合理理由，但如果未按照法律规定的程序进行操作，如未与员工协商或未提前通知员工，那么这种调整也是不合法的。公司应确保调整过程的合法性和合理性，以维护员工的合法权益。
法律建议
对于公司：
- 在调整保密工资时，应严格遵守法律法规和劳动合同的约定，确保调整的合法性和合理性。
- 与员工进行充分沟通，解释调整的原因和依据，以维护和谐的劳动关系。
- 确保调整后的工资不低于当地最低工资标准，避免违法降薪的风险。
对于员工：
- 在面临保密工资调整时，应仔细审查劳动合同中的相关条款，并与公司进行积极沟通。
- 若认为调整行为违法或不合理，可寻求法律援助或向劳动争议仲裁委员会提起仲裁，维护自己的合法权益。
总结来说，公司调整保密工资的合法性取决于调整的方式、内容以及是否遵循了相关法律法规和劳动合同的约定。公司应谨慎行事，确保调整的合法性和合理性；员工也应积极维护自己的合法权益，必要时寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。