在行政诉讼过程中若发现存在渎职、包庇行为，可通过以下途径依法处理，具体分为诉讼程序内救济和诉讼程序外追责两种路径：

一、诉讼程序内救济：通过行政诉讼机制推动问题解决

1. 申请法院调取证据或依职权调查
   若发现行政机关工作人员存在篡改证据、隐瞒关键事实等渎职行为，可依据《行政诉讼法》第40条，向法院申请调取行政机关未提交的证据（如内部审批文件、监控录像等），或请求法院依职权调查取证。例如，在拆迁补偿案件中，若怀疑行政机关伪造评估报告，可申请法院委托第三方机构重新鉴定。

2. 提出行政机关负责人出庭要求
   根据《行政诉讼法》第3条，若案件涉及重大公共利益或渎职嫌疑，可要求行政机关负责人出庭应诉。负责人未出庭且未说明理由的，法院可记录在案并通报上级机关，倒逼行政机关重视程序合法性。

3. 申请回避或质疑程序合法性
   若发现审判人员与行政机关存在利益关联（如曾共同参与项目审批），可依据《行政诉讼法》第55条申请审判人员回避，并要求法院对行政程序合法性进行全面审查，包括是否存在包庇行政机关的违法行为。

二、诉讼程序外追责：通过监察或刑事程序追究责任

1. 向监察机关举报渎职行为
   根据《监察法》第11条，若行政机关工作人员存在滥用职权、玩忽职守等渎职行为，可直接向县级以上监察委员会举报。监察机关将依法展开调查，对涉嫌职务违法的公职人员作出政务处分（如警告、记过、撤职等）；构成犯罪的，移送检察院审查起诉。

2. 向公安机关报案追究刑事责任
   若渎职行为涉嫌犯罪（如《刑法》第397条规定的滥用职权罪、玩忽职守罪，或第399条规定的徇私枉法罪），可向公安机关报案。例如，行政机关工作人员为包庇企业违法排污而伪造检测报告，可能同时触犯环境监管失职罪和帮助毁灭证据罪。

3. 申请检察院法律监督
   根据《行政诉讼法》第93条，若认为法院在行政诉讼中存在包庇行政机关的违法行为（如故意偏袒证据认定、拒绝调取关键证据），可向检察院申请检察建议或抗诉。检察院将依法审查审判活动合法性，必要时可提出抗诉推动案件再审。

三、关键注意事项：证据固定与程序衔接

1. 证据固定是核心
   需通过书面记录、录音录像、证人证言等方式固定渎职、包庇的证据链。例如，在行政处罚案件中，若发现行政机关未依法送达处罚决定书却谎称已送达，可要求其出示送达回证，并申请法院调取邮寄记录或监控录像。

2. 程序衔接需及时
   行政诉讼与监察、刑事程序可并行推进，但需注意证据转化规则。例如，行政诉讼中调取的证据可直接用于监察调查，但刑事程序需经公安机关重新固定才能作为定案依据。

3. 风险防范建议
   若担心举报后遭报复，可依据《监察法》第64条申请匿名举报，或通过律师代理提交材料。同时，保留与行政机关沟通的书面记录（如邮件、微信聊天记录），作为后续追责的辅助证据。

总结：行政诉讼中发现渎职、包庇行为时，需以“诉讼内救济”为基础，同步启动“诉讼外追责”程序，通过证据固定、程序衔接和法律监督形成合力。具体操作中建议结合案件类型（如行政处罚、行政许可、行政强制）和渎职表现形式（如不作为、乱作为、程序违法），制定针对性策略。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件细节。