结论：甲方将土地有偿卖给乙方，双方之间形成的协议是否有效，需根据具体情况判断，主要涉及土地性质、协议内容合法性及双方真实意思表示等因素。以下从不同角度详细分析：
一、土地性质对协议效力的影响
国有土地：
- 若甲方拥有的是国有土地使用权，且该使用权是通过合法途径（如出让、转让）取得，那么甲方有权在符合法律法规和出让合同约定的条件下，将土地使用权有偿转让给乙方。
- 在此情况下，双方签订的协议，只要内容合法、双方意思表示真实，且不违反法律法规的强制性规定，通常是有效的。
集体土地：
- 若甲方拥有的是集体土地使用权，如宅基地使用权、集体建设用地使用权等，其转让受到较为严格的限制。
- 一般来说，集体土地使用权不得随意转让给非本集体经济组织成员。若乙方非本集体经济组织成员，双方签订的转让协议可能因违反法律法规的强制性规定而无效。
- 但若符合特定条件（如符合土地利用总体规划、经过依法批准等），集体土地使用权可以依法转让，此时协议可能有效。
二、协议内容合法性对效力的影响
协议内容合法：
- 若协议内容不违反法律法规的强制性规定，如不涉及非法转让土地、不损害国家利益和社会公共利益等，且双方意思表示真实，那么协议通常是有效的。
协议内容违法：
- 若协议内容违反法律法规的强制性规定，如非法转让土地、逃避税收等，那么协议可能因违法而无效。
三、双方真实意思表示对效力的影响
真实意思表示：
- 若双方签订协议时均出于真实意思表示，且没有受到欺诈、胁迫等不正当手段的影响，那么协议通常是有效的。
非真实意思表示：
- 若一方或双方在签订协议时受到欺诈、胁迫等不正当手段的影响，导致意思表示不真实，那么协议可能因存在瑕疵而无效或可撤销。
四、其他可能影响协议效力的因素
协议形式：
- 根据法律法规的规定，某些类型的土地转让协议可能需要采用书面形式，并办理相关登记手续。若未按照法定形式签订或未办理登记手续，可能影响协议的效力。
审批手续：
- 土地转让可能涉及审批手续，如国有土地使用权的转让需要经过土地管理部门的批准。若未办理相关审批手续，协议可能因未履行法定程序而无效。
建议：
- 在签订土地转让协议前，双方应充分了解土地性质、法律法规及政策规定，确保协议内容合法、双方意思表示真实。
- 若对协议效力存在疑问或担忧，建议咨询专业律师进行法律审查，以降低法律风险。
- 在签订协议后，双方应按照协议约定履行义务，并办理相关登记手续和审批手续（如需），以确保协议的合法性和有效性。
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