甲乙双方签订的房产归属协议，在符合法定条件时是有效的。不过，其有效性会受到多种因素的影响，下面我将从不同角度为您详细分析：
一、协议有效的基本条件
双方真实意思表示：协议必须是甲乙双方真实意愿的体现，不存在欺诈、胁迫等情形。如果一方在签订协议时受到欺诈或胁迫，那么该协议可能被认定为无效或可撤销。
不违反法律法规：协议内容必须合法，不得违反国家法律法规的强制性规定。例如，如果协议涉及非法转让房产或逃避税收等违法行为，那么该协议将无效。
具备法定形式：根据《民法典》的相关规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，应当依照法律规定登记。因此，如果房产归属协议涉及房产所有权的转移，那么双方应当依法办理房产过户登记手续，否则可能影响协议的对外效力（即对抗第三人的效力），但不影响协议在甲乙双方之间的内部效力。
二、可能影响协议有效性的特殊情况
房产存在权属争议：如果房产在签订协议时存在权属争议，如共有权人未同意转让、房产被查封或抵押等，那么协议的有效性可能会受到影响。在这种情况下，即使协议是双方真实意思表示且内容合法，也可能因为房产无法实际过户而无法实现协议目的。
协议内容存在瑕疵：如果协议内容存在模糊不清、条款矛盾或遗漏重要事项等瑕疵，那么可能会影响协议的解释和执行。在这种情况下，双方可能需要通过协商、诉讼或仲裁等方式来解决争议。
三、法律建议
确保协议内容合法合规：在签订房产归属协议前，双方应当仔细审查协议内容，确保不违反国家法律法规的强制性规定。如有必要，可以咨询专业律师的意见。
办理房产过户登记手续：如果协议涉及房产所有权的转移，那么双方应当依法办理房产过户登记手续。这是确保协议对外效力的关键步骤，也是保护双方权益的重要措施。
保留相关证据：在签订和履行协议过程中，双方应当保留好相关证据，如协议文本、付款凭证、过户手续等。这些证据在发生争议时将起到至关重要的作用。
及时咨询专业律师：如果您对房产归属协议的有效性存在疑问或担忧，建议及时咨询专业律师的意见。律师可以根据您的具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。
总结来说，甲乙双方签订的房产归属协议在符合法定条件时是有效的。但为了确保协议的有效性和保护双方权益，建议您在签订前仔细审查协议内容、办理房产过户登记手续、保留相关证据，并在必要时咨询专业律师的意见。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。