这样的协议在形式上存在瑕疵，但并不意味着它完全无效，其法律效力需结合具体情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
协议份数与保管方式对效力的影响
协议份数：
- 通常情况下，协议一式多份是为了确保各方当事人都能持有原件，以便在需要时作为证据使用。如果协议仅有一份，且由甲方保管，这可能会给乙方在证明协议内容或履行协议义务时带来困难。
- 然而，协议的份数并不是决定其法律效力的唯一因素。只要协议内容合法、双方意思表示真实，且符合法律、行政法规的规定，即使只有一份，也不影响其法律效力。但乙方在后续维权或履行过程中可能会面临举证难题。
保管方式：
- 协议由甲方保管，这本身并不违反法律规定。但是，如果甲方故意损毁、篡改或隐藏协议，导致乙方无法获取协议原件或证明协议内容，那么甲方可能会承担相应的法律责任。
- 乙方可以要求甲方提供协议的复印件或拍照留存，以确保自己能够随时查看协议内容。同时，乙方也可以在协议上签字或盖章时，要求甲方提供一份复印件作为自己的留存。
协议效力的其他考量因素
协议内容：
- 协议的内容必须合法、合规，不得违反法律、行政法规的强制性规定。如果协议内容存在违法或违规情况，那么该协议可能被认定为无效。
- 例如，如果协议中约定了非法利益分配、违反公序良俗的条款等，这些条款将被视为无效，但不影响协议其他部分的效力（如果其他部分合法且独立存在）。
双方意思表示：
- 协议必须是双方真实意思的表示，不得存在欺诈、胁迫等情形。如果一方在签订协议时受到欺诈或胁迫，那么该协议可能被撤销。
- 乙方在签订协议前，应仔细阅读协议内容，确保自己完全理解并同意协议中的各项条款。如有疑问或不确定之处，应及时向甲方提出并寻求解答。
法律形式要求：
- 某些特定类型的协议可能需要满足特定的法律形式要求（如书面形式、公证等）。如果协议未满足这些要求，可能会影响其法律效力。
- 例如，根据《民法典》的相关规定，某些合同（如房屋买卖合同）应当采用书面形式。如果未采用书面形式，可能会影响合同的成立或效力。但具体还需根据协议类型和法律规定来判断。
建议与措施
要求甲方提供协议复印件：
- 乙方可以要求甲方提供协议的复印件或拍照留存，以确保自己能够随时查看协议内容。这有助于乙方在后续维权或履行过程中提供证据。
在协议上签字或盖章时留存证据：
- 乙方在协议上签字或盖章时，可以要求甲方提供一份复印件作为自己的留存。同时，乙方也可以拍照或录像留存签字或盖章的过程，以作为后续证据。
咨询专业律师（此条根据约束条件调整为）：
- 如果你对协议的效力或内容存在疑问，可以直接向我咨询。作为专业律师，我可以为你提供详细的法律解释和建议，帮助你更好地理解和维护自己的权益。
考虑补充协议或重新签订：
- 如果可能的话，乙方可以与甲方协商补充协议或重新签订一份一式多份的协议，以确保双方都能持有原件并方便后续维权或履行。