结论：一式两份的协议，即便乙方丢失了其持有的那份，也并不直接导致该协议作废，甲方持有的合同仍然有效。
分析说明：
合同效力的基础：
- 合同的效力并不依赖于其物理形式（如纸张）的存在与否，而是基于合同双方的真实意思表示以及是否符合法律规定的生效要件。只要合同在签订时双方意思表示真实，且内容不违反法律、行政法规的强制性规定，合同即具有法律效力。
一式两份的意义：
- 一式两份的合同，通常是为了方便双方各自保存一份，作为履行合同的依据和证明。但这并不意味着每一份合同都是独立的，或者丢失其中一份就会导致整个合同失效。实际上，只要有一份合同存在，且能够证明合同的内容和双方的真实意思表示，该合同就仍然具有法律效力。
乙方丢失合同的影响：
- 乙方丢失其持有的合同，并不影响甲方持有的合同的效力。甲方仍然可以依据其持有的合同来主张权利，要求乙方履行合同义务。同时，乙方也不能因为其丢失了合同而主张合同作废或免除其合同义务。
可能的法律后果与建议：
- 如果乙方因为丢失合同而拒绝履行合同义务，甲方可以依据其持有的合同向法院提起诉讼，要求乙方承担违约责任。
- 为了避免类似的纠纷，建议双方在签订合同时，可以约定合同丢失后的处理方式，如要求丢失方出具书面说明、承担补办合同的费用等。同时，双方也可以考虑将合同进行电子化备份，以便在需要时能够迅速提供证明。
特殊场景探讨：
- 在某些特殊情况下，如合同中明确约定了“本合同一式两份，甲乙双方各执一份，丢失即作废”等类似条款，那么乙方丢失其持有的合同可能会导致该合同在双方之间失去效力。但这种情况较为罕见，且需要合同中有明确的约定。在没有明确约定的情况下，不能仅凭乙方丢失合同就认定合同作废。
行动建议：
- 如果您是甲方，且乙方声称其丢失了合同并主张合同作废，您可以依据您持有的合同向乙方主张权利，并要求其履行合同义务。如果乙方拒绝履行，您可以考虑通过法律途径解决纠纷。
- 如果您是乙方，且确实丢失了合同，建议您尽快与甲方沟通，说明情况，并尝试协商解决方案。同时，您也可以考虑采取一些补救措施，如出具书面说明、承担补办合同的费用等，以减少可能的法律风险。
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