合同一式两份，乙方作废了，甲方持有的合同是否还有用，这主要取决于合同作废的具体情况以及双方是否就合同作废达成了一致意见。以下从不同角度进行分析：

1. 若乙方单方面作废合同，且甲方未同意：

   • 在这种情况下，乙方单方面作废合同并不具有法律效力。合同是双方意思表示一致的产物，任何一方未经对方同意，不得擅自变更或解除合同。因此，甲方持有的合同仍然有效，双方应继续履行合同约定的义务。
   • 如果乙方拒绝履行合同，甲方有权依据合同约定和法律规定，要求乙方承担违约责任，包括但不限于继续履行、赔偿损失等。

2. 若双方协商一致作废合同：

   • 如果双方就合同作废达成了共识，并签署了相关协议或文件，那么合同自双方协商一致之日起作废。此时，甲方持有的合同虽然物理上仍然存在，但法律上已失去效力。
   • 双方应就合同作废后的相关事宜进行妥善处理，如退还已支付的款项、返还已交付的货物等，以避免产生不必要的纠纷。

3. 若合同因法定原因作废：

   • 根据法律规定，某些情况下合同可能因法定原因而作废，如合同内容违法、违反公序良俗等。在这种情况下，无论甲方是否同意，合同均自始无效。
   • 甲方应了解合同作废的法定原因，并评估自身是否因此受到损失。如果受到损失，甲方有权依据法律规定要求乙方或其他相关方承担赔偿责任。

法律建议：

• 对于甲方而言，如果乙方声称已作废合同，甲方应首先核实乙方作废合同的具体原因和依据。如果乙方无法提供合法有效的作废理由或证据，甲方有权拒绝承认合同作废，并要求乙方继续履行合同。
• 如果双方确实需要作废合同，建议签署书面协议明确双方的权利义务和作废后的处理方式，以避免后续纠纷。
• 在处理合同纠纷时，甲方应保留好相关证据，如合同原件、沟通记录、支付凭证等，以便在需要时维护自身合法权益。

可能法律后果：

• 如果乙方擅自作废合同且拒绝履行义务，甲方有权通过法律途径追究乙方的违约责任，并要求赔偿因此造成的损失。
• 如果双方因合同作废产生纠纷且无法协商解决，可能需要通过诉讼或仲裁等法律程序来解决争议。

总之，合同一式两份，乙方作废后甲方持有的合同是否还有用，取决于合同作废的具体情况和双方是否达成一致意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。