结论：在仲裁和一审中，若用人单位承认按实际工资发放但不承认加班费，法院在审判时会依据双方提供的证据以及相关法律法规来综合判断。具体审判结果会因案件具体情况而异，但一般遵循“谁主张谁举证”的原则，同时考虑用人单位的举证责任。
分析说明：
举证责任分配：
- 根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释(三)》第九条，劳动者主张加班费的，应当就加班事实的存在承担举证责任。这意味着，员工需要提供证据证明自己确实加班了，比如加班记录、工作邮件、同事证言等。
- 如果劳动者有证据证明用人单位掌握加班事实存在的证据，但用人单位不提供的，那么用人单位将承担不利后果。这体现了法律对用人单位的举证责任倒置规定，因为用人单位通常掌握着员工的考勤记录等关键证据。
法院审判考量因素：
- 法院在审判时，会综合考虑双方提供的证据。如果员工能够提供充分的证据证明自己加班了，而用人单位无法提供反驳证据或无法合理解释其不支付加班费的原因，那么法院可能会支持员工的加班费主张。
- 另一方面，如果员工无法提供有效证据证明加班事实，或者用人单位能够提供充分的证据证明员工未加班或加班费已支付，那么法院可能会驳回员工的加班费主张。
实际工资与加班费的关系：
- 实际工资的发放并不直接决定加班费的支付。即使用人单位承认按实际工资发放，这并不意味着它也承认了加班费的存在或支付。加班费是基于员工加班的事实和法律规定来计算的，与实际工资的发放是两个独立的问题。
法律建议：
- 对于员工：如果你主张加班费，务必收集并保留好相关证据，如加班记录、工作邮件、同事证言等。这些证据将是你主张加班费的关键。同时，你也可以向用人单位提出书面申请，要求其提供考勤记录等关键证据，以支持你的主张。
- 对于用人单位：如果你否认员工加班或认为加班费已支付，你也需要提供充分的证据来支持你的观点。这包括考勤记录、工资支付记录等。同时，建议你建立健全的加班管理制度，明确加班的审批流程、加班费的计算标准等，以避免类似的劳动纠纷。
后续行动建议：
- 如果你对法院的审判结果不满意，你可以在法定期限内提起上诉或申请再审。
- 在整个过程中，如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业的法律意见和帮助。