结论：代持协议若仅由母亲和儿子签字，而房产实际登记在父亲名下，该协议的效力及是否“算数”需分情况讨论，主要取决于父亲是否知晓并同意该代持安排，以及协议的具体内容和形式是否符合法律规定。

分析说明：

1. 协议主体与房产登记不一致：

   • 通常情况下，代持协议应由实际出资人（儿子）与名义产权人（父亲）签订，以明确双方的权利义务关系。若协议仅由母亲和儿子签字，而父亲并未参与，则协议在形式上存在瑕疵，因为父亲作为名义上的房产所有者，其意愿和知情权在协议中未得到体现。

2. 父亲是否知晓并同意：

   • 若父亲知晓并同意：如果父亲实际上知晓并同意由儿子出资、以其名义购买房产，并认可代持协议的内容，那么该协议在实质上可能被视为有效。但这种情况下，最好有父亲书面确认或追认的证据，以增强协议的法律效力。
   • 若父亲不知晓或不同意：如果父亲对代持安排并不知情或明确表示反对，那么该协议可能因缺乏父亲的同意而无效。在这种情况下，儿子可能难以仅凭与母亲签订的协议来主张对房产的权益。

3. 协议内容与形式：

   • 无论父亲是否知晓并同意，代持协议的内容必须合法、明确，且双方的意思表示必须真实。协议应详细规定房产的出资、权属、管理、收益分配、风险承担等事项，以避免未来产生纠纷。
   • 此外，协议的形式也应符合法律规定，如需要书面形式、签字盖章等，以确保其法律效力。

4. 法律后果与风险：

   • 如果代持协议被认定无效或存在争议，儿子可能面临无法主张对房产权益的风险。此外，如果父亲在未经儿子同意的情况下处分了房产（如出售、抵押等），儿子也可能难以追回损失。
   • 因此，在签订代持协议时，务必确保所有相关方（包括名义产权人）都参与并同意协议内容，以降低法律风险。

建议：

• 完善协议：如果可能的话，建议与父亲重新签订一份代持协议，明确各方的权利义务关系，并确保所有相关方都签字确认。
• 收集证据：收集并保存所有与代持安排相关的证据，如出资凭证、沟通记录、书面确认等，以备未来可能出现的纠纷之需。
• 咨询专业律师：由于代持协议涉及复杂的法律关系和权益分配问题，建议咨询专业律师以获取更具体、更专业的法律建议。

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