协议书如果不是本人签字，而是由其儿子签字的，该协议书的效力需根据具体情况来判断。以下是从不同角度进行的分析：

1. 代理签字的情况：

   • 如果儿子是经过父亲明确授权（如书面授权委托书）来代为签字的，那么这份协议书在法律上通常是被认可的。因为在此情况下，儿子是作为父亲的代理人行事，其签字行为代表了父亲的意愿。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体可以通过代理人实施民事法律行为。代理人在代理权限内，以被代理人名义实施的民事法律行为，对被代理人发生效力。

2. 无权代理或表见代理的情况：

   • 如果儿子没有父亲的明确授权，但相对方（如协议书的另一方）有理由相信儿子有代理权（例如，父亲之前曾让儿子处理过类似事务，或儿子持有父亲的身份证、印章等），则可能构成表见代理。在表见代理的情况下，协议书也可能对父亲产生法律效力。
   • 然而，如果儿子既无明确授权，相对方也无合理理由相信其有代理权，那么这份协议书对父亲来说可能是无效的。因为在此情况下，儿子的签字行为不能代表父亲的意愿。
   • 法律依据：同样根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后，仍然实施代理行为，未经被代理人追认的，对被代理人不发生效力。但是，相对人有理由相信行为人有代理权的，代理行为有效（即表见代理）。

3. 特殊情况下的效力认定：

   • 如果协议书涉及的内容对父亲来说具有重大利益（如房产买卖、大额借款等），且父亲能够证明自己并未授权儿子签字，同时相对方也无法证明其有合理理由相信儿子有代理权，那么法院可能会认定该协议书对父亲无效。
   • 另外，如果儿子在签字时存在欺诈、胁迫等违法行为，导致父亲在不知情或被迫的情况下“同意”了协议内容，那么这份协议书也是可以被撤销的。

建议：

• 如果您是协议书的签署方之一，且对协议书的效力存在疑问，建议您首先与对方协商，看是否能够达成一致意见。
• 如果协商无果，您可以考虑通过法律途径解决争议。在此过程中，您需要提供相关证据来证明自己的主张（如授权委托书、聊天记录、证人证言等）。
• 无论您处于哪种情况，都建议您及时咨询专业律师（比如我，王涵律师，就非常擅长处理这类合同纠纷问题），以便更好地维护自己的合法权益。

后续行动指南：

• 收集并保存所有与协议书签署相关的证据材料。
• 与对方进行友好沟通，尝试通过协商解决问题。
• 如果协商无果，及时向法院提起诉讼或申请仲裁，并委托专业律师代理案件。