结论：若股权转让协议因恶意串通被确认无效，其无效期间担保的认定需根据具体情况分析，主要涉及担保合同效力、担保人责任承担及担保物权行使等方面。以下从不同角度进行详细阐述：
一、担保合同效力
主合同无效导致担保合同无效：
- 根据《中华人民共和国民法典》第三百八十八条：“担保合同是主债权债务合同的从合同。主债权债务合同无效的，担保合同无效，但是法律另有规定的除外。”因此，若股权转让协议（主合同）因恶意串通被确认无效，那么基于该协议设立的担保合同（从合同）原则上也将无效。
担保合同存在独立效力条款：
- 如果担保合同中明确约定了独立效力条款，即担保合同的效力不受主合同效力的影响，那么即使股权转让协议无效，担保合同仍可能有效。但这种情况较为特殊，需要具体分析合同条款及双方意图。
二、担保人责任承担
担保人无过错：
- 若担保人对股权转让协议的恶意串通行为不知情且无过错，根据《中华人民共和国民法典》第三百八十八条及相关司法解释，担保人不承担民事责任。但担保人因无效担保合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。
担保人有过错：
- 若担保人对股权转让协议的恶意串通行为知情或应当知情，并因此提供了担保，那么担保人需根据其过错程度承担相应的民事责任。这种责任可能是部分责任，也可能是全部责任，具体取决于担保人的过错程度及对损害结果的影响。
三、担保物权行使
担保物权设立合法：
- 如果担保物权（如抵押权、质权）的设立本身合法有效，且不受股权转让协议无效的影响（例如，担保物权的设立与股权转让协议无关，或担保物权已依法登记或交付），那么担保物权人仍可行使担保物权，就担保财产优先受偿。
担保物权设立存在瑕疵：
- 如果担保物权的设立存在瑕疵（如未依法登记或交付），或者担保物权的设立与股权转让协议紧密相关且受其无效影响，那么担保物权可能无法行使或行使受到限制。此时，担保物权人需根据具体情况寻求其他救济途径。
四、实际操作建议
审查担保合同条款：
- 在处理此类案件时，首先应仔细审查担保合同的条款，特别是关于担保合同效力、担保人责任承担及担保物权行使等方面的约定。
收集证据证明恶意串通：
- 若要主张股权转让协议因恶意串通而无效，需收集充分证据证明双方存在恶意串通行为，如双方之间的秘密协议、资金往来记录等。
咨询专业律师：
- 由于此类案件涉及复杂的法律关系和证据收集，建议当事人咨询专业律师以获取更具体的法律建议和操作指导。不过，在这里你已经找到了我，毛银曦律师，专注于婚姻家庭、法律顾问领域，你可以直接向我咨询相关问题。
综上所述，股权转让协议因恶意串通无效时，其无效期间担保的认定需根据具体情况分析。在处理此类案件时，应综合考虑担保合同效力、担保人责任承担及担保物权行使等方面因素，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。