鉴定程序不合法，确实有可能推翻鉴定依据，但具体能否推翻，需结合鉴定程序违法的严重程度、对鉴定结论的影响以及案件具体情况来综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

一、鉴定程序不合法的法律后果

鉴定程序是确保鉴定结论科学、公正、合法的重要环节。如果鉴定程序存在违法情形，如鉴定机构或鉴定人不具备相应资质、鉴定过程违反技术规范、鉴定材料不真实或不完整等，都可能影响鉴定结论的合法性和有效性。根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》等相关法律法规，鉴定程序严重违法的，鉴定结论可能不被法院采信，即可以被推翻。

二、能否推翻鉴定依据的考量因素

1. 违法程序的严重性：

   • 如果鉴定程序中的违法行为轻微，且对鉴定结论的实质性内容没有产生实质性影响，那么法院可能不会因此推翻鉴定结论。
   • 如果鉴定程序中的违法行为严重，如鉴定人无资质、鉴定过程存在重大疏漏或错误等，且这些违法行为直接影响了鉴定结论的准确性和公正性，那么法院很可能会推翻该鉴定结论。

2. 对鉴定结论的影响：

   • 需要评估违法程序是否对鉴定结论产生了实质性影响。如果违法程序导致鉴定结论存在明显错误或不合理之处，那么推翻鉴定结论的可能性较大。
   • 如果违法程序并未对鉴定结论产生实质性影响，或者鉴定结论本身具有合理性和科学性，那么法院可能不会轻易推翻。

3. 案件具体情况：

   • 不同案件对鉴定结论的依赖程度不同。在一些案件中，鉴定结论可能是定案的关键证据；而在另一些案件中，鉴定结论可能只是辅助证据之一。
   • 因此，在判断能否推翻鉴定依据时，还需要考虑案件的具体情况，包括其他证据的充分性、案件事实的清晰度等。

三、实际操作中的建议

1. 及时提出异议：

   • 如果在诉讼过程中发现鉴定程序存在违法情形，应及时向法院提出异议，并申请重新鉴定或补充鉴定。

2. 收集证据：

   • 收集能够证明鉴定程序违法的证据，如鉴定机构或鉴定人的资质证书、鉴定过程记录、鉴定材料等。

3. 咨询专业律师：

   • 鉴于鉴定程序的专业性和复杂性，建议咨询像我这样专业律师的意见。我可以帮助你分析鉴定程序的违法性、评估对鉴定结论的影响，并为你提供具体的法律建议和策略。

举例说明：假设在一起合同纠纷案件中，一方当事人申请了对合同中某项条款的笔迹鉴定。然而，在鉴定过程中，鉴定机构未按照规定的程序进行鉴定，如未对鉴定材料进行充分比对、未邀请双方当事人到场见证等。后来，该鉴定结论被作为关键证据提交给法院。在这种情况下，如果另一方当事人能够证明鉴定程序存在违法情形，并申请重新鉴定或补充鉴定，那么法院很可能会推翻原有的鉴定结论。

最后需要强调的是，每个案件的具体情况都是独特的，因此能否推翻鉴定依据还需根据案件的具体情况来综合判断。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。