鉴定程序违法的情况下，鉴定意见通常不能作为定案依据。以下是对这一问题的详细分析：

一、鉴定程序违法的具体情形

鉴定程序的合法性是确保鉴定意见公正、客观的重要保障。鉴定程序违法可能包括多种情形，例如：

1. 委托手续不全：如鉴定委托书无委托人签名或者盖章，导致鉴定委托的合法性存疑。
2. 鉴定材料来源不明或虚假：检材虚假或被损坏，直接影响鉴定结果的准确性。
3. 鉴定过程不符合专业规范要求：鉴定方法不当、操作不规范，可能导致鉴定结果偏离真实情况。
4. 鉴定文书存在瑕疵且无法补正：如缺少签名、盖章，或签名、盖章、编号不符合制作要求，影响鉴定文书的真实性和合法性。

二、鉴定程序违法对鉴定意见效力的影响

根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国刑事诉讼法〉的解释》第九十八条的规定，鉴定程序违反规定的，鉴定意见不得作为定案的根据。这是因为鉴定程序的合法性是保障鉴定意见客观、公正的重要前提。若鉴定程序存在违法情形，将导致鉴定意见失去合法性基础，无法被法院采纳作为定案依据。

三、其他影响鉴定意见效力的因素

除了鉴定程序违法外，还有其他一些因素也可能导致鉴定意见不能作为定案依据，例如：

1. 鉴定机构或鉴定人不具备法定资质或条件：鉴定机构不具备法定的资格和条件，或者鉴定事项超出其鉴定范围；鉴定人不具备相应的专业知识和技能，或者违反回避规定参与鉴定。
2. 送检材料不真实或被污染：送检材料的真实性是鉴定意见准确性的基础。如果送检材料不真实、不完整，或者被污染、损坏，都将影响鉴定结果的准确性。
3. 鉴定意见形式要件欠缺或内容不明确：鉴定文书缺少签名、盖章，或者鉴定意见不明确、有歧义，都将导致鉴定意见无法被采纳。
4. 鉴定人故意作虚假鉴定或存在其他不当行为：鉴定人故意作虚假鉴定，或者与案件有利害关系而可能影响公正鉴定，其出具的鉴定意见将被视为无效。
5. 鉴定意见与案件待证事实无关联：鉴定意见必须与案件的待证事实具有关联性，才能对案件的认定产生实质影响。如果鉴定意见与案件待证事实没有关联，或者对证明案件事实没有实际意义，那么该鉴定意见也不能作为定案根据。

四、建议与注意事项

1. 在涉及鉴定意见的案件中，当事人应仔细审查鉴定程序的合法性。如果发现鉴定程序存在违法情形，应及时向法院提出异议，并申请重新鉴定或补充鉴定。
2. 当事人还应关注鉴定机构和鉴定人的资质条件、送检材料的真实性和完整性、鉴定意见的形式要件和内容明确性等方面。这些因素都可能影响鉴定意见的效力。
3. 如果当事人对鉴定意见有疑问或争议，可以寻求专业律师的帮助。律师可以协助当事人分析鉴定意见的合法性、科学性和关联性，为当事人提供有效的法律建议和辩护策略。

总之，鉴定程序违法的情况下，鉴定意见通常不能作为定案依据。当事人在涉及鉴定意见的案件中应仔细审查鉴定程序的合法性，并关注其他可能影响鉴定意见效力的因素。如有任何疑问或争议，建议直接向我咨询。