电子邮件发函时，抄送被审计单位在法律层面是允许的，但需根据具体情况判断其合理性与合规性。以下从不同角度进行分析：

1. 从审计程序合规性角度
   若审计函件本身需向被审计单位发送（如审计通知、问题确认函等），抄送行为属于程序性操作，符合《审计法》及《中国注册会计师审计准则》中关于审计程序透明度的要求。但需注意：

   • 抄送内容应与审计事项直接相关，避免泄露其他无关方的商业秘密或敏感信息；
     
   • 若审计涉及第三方（如被审计单位的关联方），抄送前需确认是否已获得第三方授权或符合法定披露义务。

2. 从合同或协议约定角度
   若审计是基于委托合同或协议开展，需优先审查合同条款：

   • 若合同明确约定“审计函件需抄送被审计单位”，则抄送行为具有合同依据；
     
   • 若合同未约定或禁止抄送，则需评估抄送是否可能损害委托方利益（如泄露审计策略、商业秘密等），此时抄送需谨慎，建议先取得委托方书面同意。

3. 从法律风险防范角度

   • 被审计单位知情权：抄送可能满足被审计单位对审计进程的知情需求，但需避免被解读为“审计方与被审计单位串通”，尤其是当审计结论对被审计单位不利时；
     
   • 证据效力：若抄送函件涉及关键事实确认（如被审计单位对审计问题的回复），需保留发送记录（如邮件截图、送达回执），以固定证据；
     
   • 数据安全：抄送前需确认邮件系统符合《网络安全法》《数据安全法》要求，避免因信息泄露引发纠纷。

建议操作：

• 明确抄送目的（如程序告知、证据留存、协调沟通），确保与审计目标一致；
  
• 抄送前核查合同约定及法律法规限制；
  
• 保留抄送记录，必要时可要求被审计单位书面确认收悉。
  

如有具体场景（如金融审计、政府审计、企业内部审计等），可进一步结合行业规范分析，欢迎补充细节后继续咨询。