您好，关于“过追诉期案件怎么处理”的问题，这是一个涉及法律追诉时效和案件定性的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确什么是追诉时效。追诉时效是刑法规定的，对涉嫌犯罪人员进行刑事追诉的有效期限。在这个期限内，司法机关有权对犯罪嫌疑人进行追诉；一旦超过这个期限，司法机关一般就不再追诉。

对于已经过了追诉时效的案件，从刑事责任的角度来看，司法机关通常不再追究犯罪嫌疑人的刑事责任，也不再移送检察机关审查起诉。这是因为，根据我国刑法的规定，超过追诉期限的不再追诉，这意味着国家放弃了针对被追诉对象的刑罚权，导致刑罚法律后果消灭。

然而，这并不意味着犯罪行为本身就消失了或者不被评价。纪检监察机关在一体履行监督执纪问责和监督调查处置双重职责时，对于此类案件仍需从党纪国法层面做出适当评价。具体来说，虽然涉嫌犯罪问题超过了追诉时效，但其本质仍是涉嫌犯罪问题。在定性时，我们仍应按照涉嫌犯罪问题进行定性，而不是简单地将其降格为违纪或职务违法问题。

在适用处分依据时，对于党纪处分，我们可以依据党纪处分条例的相关规定，如第二十七条，对涉嫌犯罪的党员给予撤销党内职务、留党察看或者开除党籍处分。这是因为党纪处分条例明确针对的是涉嫌犯罪的行为，且并未规定追诉时效相关问题。同样地，对于公职人员的政务处分，我们也可以依据公职人员政务处分法的相关规定，给予撤职或者开除处分。

综上所述，对于已经过了追诉时效的案件，虽然司法机关一般不再追究其刑事责任，但纪检监察机关仍需从党纪国法层面做出适当评价，并依据相关规定给予相应的党纪或政务处分。这样的处理方式既体现了法律的严肃性，也体现了对违纪违法行为的零容忍态度。希望这个解答能够帮助您更好地理解这个问题。