结论：公司包庇员工是否可以起诉公司，需根据具体情况判断。若公司的包庇行为侵害了您的合法权益（如名誉权、劳动权益等），您有权通过法律途径维护自身权益。以下从不同角度为您详细分析：

一、若公司包庇行为侵害名誉权

1. 法律依据
   根据《中华人民共和国民法典》第一千零二十四条，民事主体享有名誉权，任何组织或个人不得以侮辱、诽谤等方式侵害他人名誉权。若公司包庇员工的行为导致您的社会评价降低（如散布虚假信息、捏造事实等），您可主张公司侵犯名誉权。

   • 示例：公司为包庇某员工，对外宣称您存在工作失误，导致您被同行误解，即可构成名誉权侵害。

2. 维权步骤

   • 收集证据：保留聊天记录、邮件、录音、视频等证明公司包庇行为的材料，以及因该行为导致的经济损失证明（如工资减少、工作机会丧失等）。
     
   • 提起诉讼：向法院提交起诉状，明确诉讼请求（如停止侵害、恢复名誉、赔偿损失等），并附上相关证据。
     
   • 参与庭审：出庭陈述事实，反驳公司辩解，维护自身权益。
     
   • 执行判决：若胜诉，可要求公司履行义务（如公开道歉、赔偿损失）；若公司拒不执行，可申请强制执行。

二、若公司包庇行为违反劳动法规

1. 法律依据
   根据《中华人民共和国劳动法》，劳动者的人格尊严应受保护。若公司包庇员工的行为导致您遭受不公平对待（如被降职、扣薪、解雇等），您可主张公司违反劳动法规。

   • 示例：公司为包庇某员工，将本应由该员工承担的责任转嫁给您，导致您被扣薪或解雇，即可构成劳动权益侵害。

2. 维权步骤

   • 协商调解：首先尝试与公司协商，要求公司纠正不当行为并赔偿损失。
     
   • 申请劳动仲裁：若协商无果，可向当地劳动仲裁委员会申请仲裁，提交仲裁申请书及证据材料。
     
   • 提起诉讼：对仲裁结果不服的，可在收到仲裁裁决书之日起15日内向法院提起诉讼。

三、若公司包庇行为构成刑事犯罪

1. 法律依据
   根据《中华人民共和国刑法》第二百四十六条，以暴力或其他方法公然侮辱他人或捏造事实诽谤他人，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或剥夺政治权利。若公司包庇员工的行为涉及侮辱、诽谤且情节严重，您可向公安机关报案，追究公司相关责任人的刑事责任。

   • 示例：公司为包庇某员工，公开散布关于您的虚假信息，导致您精神受到严重损害，即可构成刑事犯罪。

2. 维权步骤

   • 报案：向当地公安机关报案，提交相关证据材料。
     
   • 配合调查：配合公安机关调查，如实陈述事实。
     
   • 提起附带民事诉讼：在刑事诉讼过程中，您可提起附带民事诉讼，要求公司赔偿经济损失。

四、其他注意事项

1. 证据收集：无论选择哪种维权方式，证据收集都是关键。务必保留所有能证明公司包庇行为的材料，并确保证据的真实性、合法性和关联性。
   
2. 时效性：注意诉讼时效问题。根据《中华人民共和国民法典》第九百九十五条，名誉权受到侵害的，受害人的停止侵害、排除妨碍、消除危险、消除影响、恢复名誉、赔礼道歉请求权不适用诉讼时效的规定；但赔偿损失请求权仍受诉讼时效限制（一般为三年）。
   
3. 专业协助：若对法律程序不熟悉或案件复杂，建议寻求专业律师的协助（当然，您可以直接向我咨询，我会为您提供详细的法律指导）。

总结：公司包庇员工是否可以起诉公司，需根据具体行为性质及侵害的权益类型判断。若公司的行为侵害了您的名誉权、劳动权益或构成刑事犯罪，您均有权通过法律途径维护自身权益。在维权过程中，务必注重证据收集和时效性，并可根据需要寻求专业律师的协助。