辞职后公司三个月后才给工资是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：
法律规定层面
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一规定明确了工资支付的基本原则，即按月支付且不得无故拖欠，公司三个月后才给工资显然违反了该规定。
- 《工资支付暂行规定》第九条：劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这意味着在辞职这一劳动关系终止的情形下，公司应当立即结清工资，而不是拖延至三个月后。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。此条款进一步强调了用人单位及时足额支付工资的义务，以及劳动者在遭遇拖欠工资时的维权途径。
特殊情况分析
虽然一般情况下公司应在辞职时结清工资，但也存在一些特殊情况可能导致工资延迟发放，不过这些情况都有严格的限制条件：
- 双方协商一致：如果用人单位和劳动者就工资支付时间进行了协商，并且达成了一致意见，同时这种协商不违反法律法规的强制性规定，那么可以按照协商的时间支付工资。但这种情况需要劳动者明确同意，并且最好有书面协议作为证据。例如，公司因财务结算流程较长，与劳动者协商在辞职后一个月内支付工资，劳动者同意并签字确认，这种情况下延迟支付可能是合法的。然而，三个月的延迟时间过长，很难被认定为合理的协商结果。
- 不可抗力等特殊原因：如果用人单位确实因不可抗力等特殊原因（如自然灾害、突发重大公共卫生事件等）无法按时支付工资，并已向劳动者说明情况，同时在不可抗力因素消除后尽快支付工资，这种情况下也可能不被认定为违法。但这需要用人单位提供充分证据证明其确实受到不可抗力影响，且三个月的时间对于不可抗力因素消除后的工资支付来说，通常也超出了合理范围。
法律后果与维权途径
- 法律后果：如果公司无故拖欠工资，根据《劳动保障监察条例》第二十六条，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的，由劳动保障行政部门分别责令限期支付劳动者的工资报酬；逾期不支付的，责令用人单位按照应付金额50％以上1倍以下的标准计算，向劳动者加付赔偿金。
- 维权途径：
- 与用人单位协商：首先尝试与用人单位友好沟通，了解拖延发放工资的具体原因，并要求其按照法律规定及时支付工资。这是最直接、最便捷的解决方式。
- 向劳动监察部门投诉：若协商不成，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位的工资支付情况进行监督检查，并责令其改正。投诉时，劳动者需要提供相关的证据，如劳动合同、工资条、辞职证明等。
- 申请调解或仲裁：劳动者还可以向劳动争议调解委员会申请调解，或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付拖欠的工资以及可能的经济补偿。仲裁裁决具有法律效力，用人单位必须履行。
- 提起诉讼：对仲裁结果不满意的，劳动者可以向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
综上所述，辞职后公司三个月后才给工资一般是不合法的。如果你遇到了这种情况，建议先与公司协商，协商无果的话，及时通过上述维权途径维护自己的合法权益。有问题可以直接向我咨询。