离职后三个月才发工资是不合法的。

法律依据

1. 《中华人民共和国劳动法》第五十条明确规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，在劳动关系解除或终止时，用人单位应当即时结清劳动者的工资。
2. 《工资支付暂行规定》第九条也指出，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。

一般原则

正常情况下，离职时就应当结清工资，最晚也应在用人单位与劳动者约定的工资支付周期内支付。离职后三个月才发工资显然违反了这一原则，侵害了劳动者的合法权益。

特殊情况处理

虽然大部分情况下离职时应即时结清工资，但如果用人单位确实面临特殊困难，如资金周转问题，应与劳动者进行协商，并按照协商一致的结果发放工资。然而，这并不意味着用人单位可以单方面决定延迟至三个月后发放工资。

劳动者维权途径

面对用人单位未按时支付工资的情况，劳动者可以通过以下途径维护自己的合法权益：

1. 与用人单位协商：首先尝试与用人单位沟通，要求其尽快支付拖欠的工资。
2. 向劳动监察部门投诉：若协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门提出投诉，由劳动监察部门责令用人单位限期支付工资，并可能要求用人单位支付相应的经济补偿。
3. 申请劳动仲裁：劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请，通过法律程序解决工资纠纷。仲裁裁决具有法律效力，必须履行。
4. 提起诉讼：如果劳动者对仲裁裁决不服，可以向人民法院提起诉讼，通过司法途径进一步维护自己的权益。

综上所述，离职后三个月才发工资是不合法的行为。劳动者有权要求用人单位按时支付工资，并在必要时采取合法手段维护自己的合法权益。如果你遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。