结论：关于实用新型专利查封三年后现在才起诉是否有效的问题，不能一概而论，需要结合具体的诉讼时效、查封原因及后续处理情况等多方面因素来综合判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 诉讼时效的考量：

   • 根据《中华人民共和国专利法》及相关司法解释，专利侵权诉讼的时效通常为三年，自专利权人或者利害关系人知道或者应当知道侵权行为之日起计算。但这里的关键是“知道或应当知道侵权行为之日”，而非查封之日。
   • 如果查封行为本身并不直接构成侵权，或者查封后并未立即发现侵权行为，那么诉讼时效的起算点可能并非查封之日。
   • 另外，如果专利权人在查封期间或查封后的一段时间内，由于某些原因（如正在进行和解谈判、等待行政处理结果等）而未能及时起诉，且这些原因符合法律规定的诉讼时效中断或中止的情形，那么诉讼时效可能会相应延长。

2. 查封原因及后续处理的影响：

   • 查封可能是出于多种原因，如涉嫌侵权、涉及诉讼保全等。如果查封是因为涉嫌侵权，且后续经调查确认存在侵权行为，那么专利权人当然有权在诉讼时效内提起诉讼。
   • 如果查封后，双方进行了和解或达成了其他协议，且该协议中包含了关于诉讼时效的特别约定，那么应按照协议约定来处理。
   • 如果查封后，由于各种原因（如行政程序、刑事程序等）导致专利权人未能及时行使诉权，且这些原因符合法律规定的诉讼时效中断或中止的情形，那么诉讼时效可能会受到影响。

3. 实际操作中的建议：

   • 核实诉讼时效：首先，专利权人应核实从知道或应当知道侵权行为之日起是否已超过三年诉讼时效。如果未超过，则可以正常提起诉讼；如果已超过，则需要考虑是否存在诉讼时效中断或中止的情形。
   • 收集证据：无论诉讼时效是否已过，专利权人都应积极收集与侵权行为相关的证据，以便在诉讼中证明自己的主张。
   • 咨询专业律师：由于专利侵权诉讼涉及复杂的法律问题和专业知识，建议专利权人在提起诉讼前咨询专业律师，以获取更准确的法律意见和诉讼策略。

特殊情况说明：

• 如果查封行为本身构成了对专利权的侵害（如非法查封导致专利权人无法正常使用其专利），那么专利权人可以针对查封行为本身提起诉讼，此时诉讼时效的起算点可能是查封行为发生之日或专利权人知道查封行为侵害其专利权之日。
• 另外，如果专利权人在查封期间或查封后的一段时间内，通过其他途径（如行政投诉、刑事报案等）维护了自己的权益，且这些途径的处理结果对诉讼时效产生了影响，那么也需要根据具体情况来判断诉讼时效是否已过。

总结与建议：

• 实用新型专利查封三年后现在才起诉是否有效，取决于多个因素的综合判断。
• 专利权人应首先核实诉讼时效，并收集相关证据。
• 如有需要，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见和诉讼策略。

如果您有具体的案件情况或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律分析和建议。