结论前置：员工不允许单位扣个人保险（即社会保险中个人应承担部分）的做法不合法，但需分情况讨论具体操作是否合规。以下是详细分析：

1. 社会保险的缴费义务与性质

根据《社会保险法》及《劳动合同法》规定：

• 单位与员工的共同缴费义务：社会保险（养老、医疗、失业、工伤、生育）由单位与员工共同缴纳，其中养老、医疗、失业保险的个人部分由员工承担，单位代扣代缴。
• 代扣代缴的合法性：单位从员工工资中扣除个人应缴部分并代缴至社保账户，是法律赋予的义务（《工资支付暂行规定》第15条）。若单位未扣缴，可能面临社保部门追缴、滞纳金甚至罚款。

例外情形：若员工与单位协商一致，由单位全额承担社保费用（包括个人部分），并签订书面协议，则可能被认定为合法。但此类协议可能因违反法律强制性规定（如社保缴费比例）而被部分无效，需谨慎操作。

2. 单位扣缴个人保险的合规要求

即使扣缴行为合法，单位仍需满足以下条件：

• 工资扣除比例限制：根据《工资支付暂行规定》第16条，单位每月扣除员工工资的比例不得超过20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。若个人社保缴费超过此比例，单位需补足差额或调整缴费基数。
• 透明公示义务：单位需在工资条中明确列明社保扣缴项目及金额，员工有权要求单位提供缴费凭证。
• 禁止变相克扣：单位不得以“社保补贴”“现金返还”等形式诱导员工放弃社保，此类行为违法且无效。

3. 员工拒绝扣缴的法律后果

• 对员工的影响：若单位因员工拒绝扣缴而停缴社保，员工可向社保部门投诉，要求单位补缴。同时，员工可能因未缴费而无法享受社保待遇（如医疗报销、养老金领取）。
• 对单位的影响：单位可能面临社保部门处罚（如补缴、滞纳金、罚款），甚至被列入“黑名单”。若员工以此为由解除劳动合同，单位还需支付经济补偿金。

4. 实务建议

• 对员工：若单位未依法扣缴社保，可先与单位协商；协商不成，可向当地社保局或劳动监察大队投诉，或申请劳动仲裁。
• 对单位：应严格按法律规定代扣代缴社保，避免因操作不当引发纠纷。若员工对缴费基数有异议，可引导其通过社保部门核查。

总结：单位扣缴员工个人社保部分是法律义务，员工无权拒绝；但单位需确保扣缴比例合法、程序透明。若您遇到具体纠纷，可进一步提供细节，我将为您分析应对方案。