结论：分公司注销时，总公司确实需要协商安置分公司的孕期员工，这是基于劳动法的相关规定以及总公司与分公司之间的法律关系。
分析说明：
分公司与总公司的法律关系：
- 分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。这意味着，分公司的所有行为，包括与员工签订的劳动合同，其法律后果最终都由总公司承担。
孕期员工的特殊保护：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，孕期、产期、哺乳期的女职工受到特殊保护，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳而降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者聘用合同。
- 当分公司注销时，其与孕期员工的劳动合同关系并不会因此自动终止，而是需要依法进行安置或解除，且必须遵循对孕期员工的特殊保护原则。
总公司的责任：
- 既然分公司不具有独立法人资格，其注销后的法律后果，包括与员工的劳动合同关系处理，自然应由总公司承担。
- 总公司需要与孕期员工进行协商，根据员工的意愿和实际情况，可以选择继续履行劳动合同、安排到其他分支机构工作、或者依法解除劳动合同并支付相应的经济补偿。但无论如何处理，都必须确保孕期员工的合法权益不受侵害。
法律建议：
- 协商安置：总公司应主动与孕期员工进行协商，了解其意愿和需求，尽量提供合适的安置方案。
- 依法处理：如果协商不成，或者员工不同意安置方案，总公司应依法处理劳动合同关系，确保不违反劳动法的相关规定。
- 经济补偿：如果依法需要解除劳动合同，总公司应按照劳动法的规定支付孕期员工相应的经济补偿，包括但不限于工资、社会保险等。
可能后果：
- 如果总公司未依法协商安置孕期员工，或者违反劳动法的规定解除劳动合同，孕期员工有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求总公司承担相应的法律责任。
- 这不仅可能导致总公司面临经济赔偿，还可能影响其声誉和信誉，对未来的业务发展产生不利影响。
综上所述，分公司注销时，总公司必须协商安置分公司的孕期员工，这是其法律责任所在，也是维护员工合法权益、避免法律风险的重要举措。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。