结论：因肢体残疾申请的低保，在拆迁后以赔偿款原因取消是否合法，不能一概而论，需要结合具体情况来判断。

分析如下：

1. 低保资格的基本条件：

   • 低保，即最低生活保障，是国家对家庭人均收入低于当地政府公告的最低生活标准的人口给予一定现金资助，以保证该家庭成员基本生活所需的社会保障制度。
   • 申请低保通常需要满足一定的条件，如家庭人均收入低于当地最低生活标准，且家庭财产状况符合规定等。肢体残疾可能是申请低保时考虑的一个因素，但并非唯一因素。

2. 拆迁赔偿款对低保资格的影响：

   • 拆迁赔偿款属于一次性收入，其性质与常规的家庭收入（如工资、经营所得等）有所不同。
   • 根据低保政策，家庭人均收入是动态计算的，但通常不会将一次性收入（如拆迁赔偿款）直接纳入长期计算范围，除非该收入显著提高了家庭长期的生活水平。
   • 如果拆迁赔偿款数额较大，且足以使家庭人均收入超过当地最低生活标准，那么取消低保可能是合理的。但如果赔偿款数额不大，或者家庭仍有其他长期困难，那么取消低保可能就不那么合理了。

3. 具体判断标准：

   • 需要查看当地的具体低保政策，了解其对家庭收入、财产状况的具体要求，以及拆迁赔偿款如何影响低保资格。
   • 如果认为取消低保不合理，可以向当地民政部门提出异议，并提供相关证据（如家庭收入证明、残疾证明、拆迁协议等）来支持自己的观点。

4. 可能的法律后果与建议：

   • 如果取消低保的决定被认为是不合法的，可以通过行政复议或行政诉讼等途径来维护自己的合法权益。
   • 在此过程中，建议咨询专业律师（即我，马蕊律师，专注于拆迁安置、土地纠纷领域），以获取更具体的法律建议和帮助。

进一步思考：

• 在面对类似情况时，除了关注拆迁赔偿款对低保资格的影响外，还应关注家庭的整体经济状况和长期生活需求。
• 如果家庭确实存在长期困难，即使获得了拆迁赔偿款，也应积极向相关部门说明情况，争取保留或重新获得低保资格。

总结：因肢体残疾申请的低保在拆迁后是否因赔偿款而被取消，需要结合当地低保政策、家庭整体经济状况以及拆迁赔偿款的具体数额来综合判断。如有疑问或认为取消决定不合理，建议及时咨询专业律师并采取相应的法律措施来维护自己的权益。