施工单位对不能拍卖的建筑物行使优先权，可通过协商折价、申请法院强制管理或参与破产程序等方式实现。以下为具体分析：

1. 协商折价或以物抵债
   若建筑物因产权瑕疵、规划违规或存在其他法律障碍导致无法拍卖，施工单位可与建设单位协商，通过折价方式将建筑物所有权转移至施工单位名下，以抵偿工程款。此方式需双方达成合意，并依法办理产权变更登记手续。若建筑物存在共有权人或抵押权人，需取得其书面同意，否则可能面临权利冲突风险。

2. 申请法院强制管理
   根据《民法典》第八百零七条及司法实践，若建筑物无法拍卖但具有使用价值（如租赁收益），施工单位可向法院申请对建筑物进行强制管理。法院将指定管理人收取租金等收益，优先清偿工程款。此方式需证明建筑物存在持续收益能力，且管理成本低于收益，否则法院可能不予支持。

3. 参与破产程序主张优先权
   若建设单位进入破产程序，施工单位需在破产债权申报期内申报工程款债权，并主张优先受偿权。根据《企业破产法》及相关司法解释，工程款优先权优先于抵押权和其他债权，但需注意：

   • 优先权范围仅限于工作人员报酬、材料款等实际支出，不包括违约金、利润等；
     
   • 需在法定期限内（通常为竣工之日起6个月内）主张权利，逾期可能丧失优先性。

4. 行使留置权（特定情形下）
   若施工单位实际占有建筑物且符合留置权构成要件（如建设单位未支付工程款且建筑物与工程款存在牵连关系），可依法行使留置权。但需注意：

   • 留置权行使需以合法占有为前提，非法占有可能引发侵权责任；
     
   • 留置权实现方式包括协商折价、拍卖或变卖，但建筑物无法拍卖时，需通过其他方式变现。

风险提示：

• 优先权行使需严格遵循法定程序，擅自占有或处置建筑物可能构成侵权；
  
• 若建筑物存在权属争议或被查封，需先通过确权诉讼或执行异议之诉解决权利障碍；
  
• 建议施工单位在合同签订阶段明确优先权条款，并留存工程款支付、竣工验收等关键证据，以降低维权成本。

如需进一步分析具体案件中的优先权行使路径，可提供建筑物权属状况、工程款金额等细节，我将结合司法实践为您制定维权方案。