结论：镇政府将房屋开商店20年的情况定为违建是否合法，不能一概而论，需要结合房屋的建设时间、是否取得相关审批手续、是否符合城乡规划以及是否存在历史遗留问题等多个因素进行综合判断。

分析如下：

1. 房屋建设时间与审批手续：

   • 如果房屋是在建设时就已经取得了合法的建设审批手续，并且符合当时的城乡规划要求，那么即使后来用于开商店，也不应被简单地定为违建。
   • 如果房屋在建设时未取得合法审批手续，或者虽然取得了审批但后续违反了审批条件（如改变了用途、超出了建设规模等），那么镇政府有权根据相关规定将其定为违建。

2. 城乡规划与用途变更：

   • 城乡规划是确定土地和建筑物用途的重要依据。如果房屋的建设或使用违反了城乡规划的要求，比如将住宅用地用于商业用途而未经过规划变更审批，那么镇政府可以依法将其定为违建。
   • 但需要注意的是，如果房屋的建设和使用符合当时的城乡规划，只是后来由于规划调整或政策变化导致不再符合新的规划要求，这种情况下应考虑历史遗留问题，不能简单地一概而论定为违建。

3. 历史遗留问题：

   • 对于一些历史悠久的房屋，特别是那些在城乡规划法实施前就已经存在并使用的房屋，如果因为历史原因未取得合法的建设审批手续或不符合当前的城乡规划要求，镇政府在处理时应考虑历史遗留问题，采取更为谨慎和灵活的态度。
   • 在这种情况下，镇政府可能会要求房屋所有者补办相关手续或进行整改，而不是直接定为违建并强制拆除。

4. 法律程序与救济途径：

   • 如果镇政府将房屋定为违建并作出了相应的处理决定（如限期拆除、罚款等），房屋所有者有权依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。
   • 在行政复议或行政诉讼过程中，房屋所有者可以提供相关证据来证明房屋的建设和使用是合法的，或者存在历史遗留问题等特殊情况，从而争取撤销或变更镇政府的处理决定。

建议：

• 如果您认为镇政府的处理决定不合法或不合理，建议您及时咨询专业律师（即向我咨询），了解具体的法律程序和救济途径。
• 在咨询律师时，请提供房屋的相关建设审批手续、城乡规划文件、历史使用情况等证据材料，以便律师能够更准确地判断镇政府的处理决定是否合法，并为您提供有效的法律建议。