核心结论：一个合同中存在两家乙方且需分别开票的情况，需根据合同性质、双方约定及税务规定综合处理，具体分为以下两种情形：

1. 合同明确约定两家乙方为独立主体，需分别履行义务并开票

• 法律分析：若合同中明确约定两家乙方为独立合同主体（如联合体承包、分包等），且各自承担独立义务（如A负责供货、B负责安装），则双方应分别向甲方开具发票，甲方也需分别支付对应款项。
• 操作要点：
  • 合同条款：合同中需明确区分两家乙方的权利义务范围（如“A公司负责提供设备，B公司负责安装调试”），并约定各自开票金额、税率及时间。
  • 税务合规：两家乙方需根据实际交易内容开具对应税目的发票（如货物销售、服务提供），避免虚开发票风险。
  • 付款流程：甲方应按合同约定分别向两家乙方支付款项，并留存付款凭证与发票对应。

2. 合同未明确区分两家乙方义务，或存在“背靠背”条款

• 法律分析：若合同未明确两家乙方的独立义务，或约定“由一方统一开票后内部结算”（如总包与分包关系），则需根据实际交易模式处理：
  • 总包-分包模式：若一家乙方为总包方，另一家为分包方，总包方需向甲方开具全额发票，分包方再向总包方开具分包部分发票（需符合分包合同约定及税务规定）。
  • 共同责任模式：若两家乙方对甲方承担连带责任（如共同担保），则需协商确定由一方统一开票，或按比例分别开票，但需避免重复开票或漏税。
• 操作要点：
  • 补充协议：若原合同未明确，建议签订补充协议，约定开票方式、金额分配及税务责任承担。
  • 税务协调：若涉及跨地区经营或不同税率，需提前与税务机关沟通，确保发票合规性。
  • 风险防范：避免一方代开发票后另一方拒不认账，建议通过共管账户或第三方担保机制保障付款安全。

风险提示

• 若两家乙方未明确开票义务，可能导致甲方无法抵扣进项税或面临税务稽查风险。
• 若合同约定与实际交易不符（如虚构交易开票），可能构成虚开发票，需承担刑事责任。

建议：根据具体交易模式选择上述方案，并在合同中明确约定开票主体、金额及税务责任。如有疑问，可直接向我咨询合同审查或税务合规问题。