结论：上班工时不够扣除底薪是否合法，需根据具体情况判断，若劳动合同或规章制度中有明确约定且不违反法律规定，则可能合法；若无约定或违反法律规定，则不合法。以下从不同角度详细分析：
一、劳动合同或规章制度有明确约定的情况
合法性分析：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定工资构成、支付方式及条件等。若劳动合同中明确约定了“工时不够则扣除底薪”的条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，也不存在显失公平、欺诈、胁迫等情形，则该条款对双方具有约束力。
- 同时，用人单位的规章制度若经过民主程序制定、公示或告知劳动者，且内容合法合理，也可以作为管理劳动者的依据。若规章制度中明确规定了工时不够扣除底薪的情形，且该规定不违反法律规定，则用人单位可以据此扣除底薪。
注意事项：
- 劳动合同或规章制度中的约定必须明确、具体，且不得违反法律、行政法规的强制性规定。
- 用人单位在制定规章制度时，应确保程序合法，内容合理，且已公示或告知劳动者。
二、劳动合同或规章制度无明确约定的情况
合法性分析：
- 若劳动合同或规章制度中未明确约定“工时不够则扣除底薪”的条款，则用人单位无权直接扣除底薪。因为底薪是劳动者提供正常劳动后应得的报酬，用人单位不得随意克扣。
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。若用人单位未按照约定支付劳动报酬，劳动者有权要求用人单位支付，并可以依法向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁。
法律后果：
- 若用人单位在无约定的情况下扣除底薪，可能构成违法克扣工资，劳动者有权要求用人单位补发工资，并可能要求用人单位支付经济补偿金或赔偿金。
- 劳动者还可以向劳动行政部门投诉，由劳动行政部门责令用人单位限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。
三、特殊情况下的考虑
非全日制员工：
- 对于非全日制员工，其工资支付方式可能与全日制员工有所不同。非全日制员工的工资通常按小时计酬，且不得低于当地小时最低工资标准。若非全日制员工未达到约定的工作时间，用人单位可能无需支付全额工资，但具体需根据劳动合同或双方约定确定。
试用期员工：
- 试用期员工的工资也不得低于本单位相同岗位最低档工资或者劳动合同约定工资的百分之八十，并不得低于用人单位所在地的最低工资标准。若试用期员工未达到约定的工作时间，用人单位同样需根据劳动合同或双方约定支付工资，不得随意扣除底薪。
建议：若您遇到上班工时不够被扣除底薪的情况，首先应查看劳动合同和用人单位的规章制度中是否有相关约定。若无约定或约定不明确，且您认为用人单位的行为违法，可以向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。如有具体法律问题，可直接向我咨询。