结论：在民事诉讼中，若检察院抗诉期限已过两年，但发现有新证据，一般情况下不能直接通过抗诉程序启动再审，但可以考虑通过其他途径如申请法院再审或向检察院提出检察建议来寻求救济。

详细分析：

1. 抗诉期限与新证据的关系：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，检察院提出抗诉通常需要在一定的期限内进行，这个期限一般是从判决、裁定发生法律效力后的一定时间内（具体期限可能因法律规定或案件类型而有所不同，但通常不会超过两年）。
   • 如果抗诉期限已经过了两年，且在此期间没有提出抗诉，那么从程序上讲，直接通过抗诉程序启动再审的可能性就大大降低了。

2. 新证据的处理方式：

   • 申请法院再审：尽管抗诉期限已过，但如果发现了新的证据，且这些证据足以推翻原判决、裁定，那么当事人仍然可以向法院申请再审。根据《民事诉讼法》的规定，有新的证据，足以推翻原判决、裁定的，人民法院应当再审。
   • 向检察院提出检察建议：当事人也可以向检察院提出检察建议，请求检察院对案件进行审查。虽然抗诉期限已过，但检察院在收到检察建议后，如果认为有必要，仍然可以对案件进行调查，并根据调查结果决定是否提出抗诉或其他检察建议。不过，这种情况下检察院提出抗诉的可能性相对较小，因为已经超过了法定的抗诉期限。

3. 实际操作中的注意事项：

   • 证据的收集与保存：在发现新证据后，当事人应及时收集并保存好这些证据，确保其真实性和完整性。
   • 法律程序的遵循：在申请再审或向检察院提出检察建议时，当事人应严格遵循法律程序，按照规定的格式和要求提交相关材料。
   • 专业律师的协助：由于法律程序复杂且涉及专业法律知识，当事人在处理此类问题时最好寻求专业律师的协助，以确保自己的权益得到充分保障。

建议：

• 如果您发现了新证据，且认为这些证据足以推翻原判决、裁定，那么建议您尽快向法院申请再审，并同时考虑向检察院提出检察建议。
• 在处理此类问题时，务必保持冷静和理性，遵循法律程序，不要采取过激或违法的行为。
• 如有需要，您可以随时向我咨询相关法律问题，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。