针对同一行政执法案件下发两次处罚文书的情况，需根据两次处罚的合法性、关联性及程序正当性进行综合处理，具体分以下情形分析：

1. 若两次处罚均合法且针对不同违法行为
   若行政机关发现当事人存在两个独立违法行为，且两次处罚均符合法定程序（如分别立案、调查、告知权利、作出决定），则两次处罚文书均有效。例如：当事人因未取得许可证经营被处罚后，又因同一经营场所存在消防隐患被再次处罚，两次处罚针对不同违法事实，不违反“一事不再罚”原则。
   处理建议：当事人应分别履行两次处罚决定（如缴纳罚款、整改等），若对处罚有异议，可针对每次处罚单独申请行政复议或提起行政诉讼。

2. 若两次处罚针对同一违法行为且违反“一事不再罚”原则
   根据《行政处罚法》第二十九条，对当事人的同一违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚。若行政机关对同一违法事实重复处罚（如两次罚款或一次罚款一次没收违法所得），则第二次处罚可能因违法被撤销。
   处理建议：

   • 当事人可向作出处罚的机关提出书面异议，要求撤销重复处罚；
     
   • 若机关未纠正，可申请行政复议（向其上一级机关）或直接提起行政诉讼（向法院），主张第二次处罚违法并要求撤销。

3. 若第二次处罚是对第一次处罚的变更或补充
   若行政机关发现第一次处罚存在事实认定错误、程序违法或量罚不当，依法撤销原处罚后重新作出处罚，或通过补充调查后追加处罚内容（如第一次仅罚款，第二次追加责令停产整顿），则第二次处罚文书可能合法。
   处理建议：

   • 当事人需核实行政机关是否履行了法定程序（如撤销原处罚的书面通知、重新告知权利等）；
     
   • 若程序合法，当事人应履行新处罚决定；若程序违法，可依法维权。

4. 若两次处罚存在程序瑕疵（如未告知权利、超期作出等）
   即使两次处罚针对不同违法行为，若程序违法（如未依法送达文书、未听取当事人陈述申辩），当事人均可主张处罚无效。
   处理建议：在行政复议或诉讼中，重点举证程序违法事实（如送达回证缺失、询问笔录无签名等），要求撤销处罚。

实务提醒：

• 当事人收到处罚文书后，务必核对文书编号、违法事实、法律依据及救济途径，确认是否为同一案件的重复处罚；
  
• 若对处罚合法性存疑，建议及时委托律师介入，通过法律程序维护权益，避免因逾期履行或错误应对导致更严重后果。
  

如有具体案件细节（如处罚类型、文书内容等），可进一步向我咨询，我会结合事实与法律为你详细分析。