结论：农村宅基地继承中，仅兄弟二人签字的协议，在两个妹妹不知情的情况下，该协议的效力存在不确定性，需根据具体情况判断。

分析说明：

1. 宅基地继承的基本原则：

   • 宅基地使用权通常与房屋所有权紧密相连，遵循“房地一体”原则。在继承时，不仅房屋可以继承，宅基地使用权在符合条件的情况下也可以随房屋一并继承。
   • 继承权是法定权利，所有法定继承人（包括子女、配偶、父母等）原则上均享有平等的继承权，除非存在法定丧失继承权的情形。

2. 协议效力的判断：

   • 协议内容合法性：若协议内容违反法律法规的强制性规定（如剥夺了其他法定继承人的继承权），则该协议可能被认定为无效。
   • 其他继承人权益：两个妹妹作为法定继承人，若对协议内容不知情且未表示放弃继承，则该协议可能因侵犯其合法权益而面临被撤销或确认无效的风险。
   • 协议形式与程序：有效的协议通常需要满足一定的形式和程序要求，如双方自愿、意思表示真实、无欺诈胁迫等。若协议签订过程中存在瑕疵，也可能影响其效力。

3. 可能的情况与后果：

   • 情况一：若两个妹妹事后追认该协议，或明确表示放弃继承权，则协议可能有效。
   • 情况二：若两个妹妹拒绝追认且主张继承权，则协议可能因侵犯其合法权益而被撤销或确认无效。此时，宅基地及房屋的继承将按照法定继承顺序和份额进行分配。

法律建议：

• 协商解决：建议家庭成员之间首先通过协商解决争议，尽量达成一致意见并签订书面协议，明确各自的权利和义务。
• 法律途径：若协商无果，可寻求法律途径解决。在此过程中，应充分收集证据（如协议文本、家庭成员关系证明、宅基地及房屋权属证明等），以支持自己的主张。
• 咨询专业律师：由于宅基地继承问题涉及复杂的法律关系和地方政策，建议在处理过程中咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到妥善保护。

后续行动指导：

• 若您是协议中的一方或相关继承人，建议尽快与其他继承人沟通协商，了解彼此的意愿和诉求。
• 若协商无果或存在争议，可准备相关证据材料并向我咨询具体法律意见和解决方案。我将根据您的具体情况提供个性化的法律服务。