结论：公司申请的工伤认定后，公司本身一般不可以直接申请调查令，但可以在特定情况下通过法律程序申请相关调查措施，且工伤认定过程中的调查通常由社会保险行政部门负责。

详细分析：

1. 工伤认定的流程与调查主体：

   • 根据《工伤保险条例》及相关规定，工伤认定是社会保险行政部门的职责。在工伤认定过程中，社会保险行政部门有权进行调查核实，包括向用人单位、工伤职工或者其近亲属、有关组织和个人进行调查核实，收集相关证据材料。
   • 因此，在工伤认定阶段，调查的主体是社会保险行政部门，而非公司本身。公司需要配合社会保险行政部门的调查工作，提供必要的证据和资料。

2. 公司申请调查令的可能性与限制：

   • 调查令通常是在诉讼程序中，由法院根据当事人的申请签发，用于向有关单位或个人调查收集证据。在工伤认定阶段，由于尚未进入诉讼程序，因此公司一般无法直接申请调查令。
   • 如果公司对工伤认定结果有异议，可以在收到工伤认定决定书后依法申请行政复议或提起行政诉讼。在行政复议或行政诉讼过程中，如果公司需要调查收集证据，可以向复议机关或法院提出申请，由复议机关或法院决定是否采取相应的调查措施。

3. 公司可以采取的其他措施：

   • 在工伤认定过程中，公司可以积极配合社会保险行政部门的调查工作，提供必要的证据和资料，以支持其主张。
   • 如果公司认为社会保险行政部门的调查不充分或存在错误，可以在收到工伤认定决定书后依法提出异议，并通过行政复议或行政诉讼等法律途径维护自身权益。

建议：

• 如果公司对工伤认定过程或结果有疑问或异议，建议及时咨询专业律师，了解具体的法律程序和维权途径。
• 在处理工伤认定相关事宜时，公司应确保遵守相关法律法规和程序要求，积极配合社会保险行政部门的调查工作，并提供必要的证据和资料。

法律后果提示：

• 如果公司不配合社会保险行政部门的调查工作或提供虚假证据和资料，可能会面临法律责任和处罚。
• 如果公司对工伤认定结果有异议但未依法提出异议或申请行政复议、行政诉讼等法律途径维权，可能会丧失相应的法律救济机会。