工程款结清证明的出具主体并非固定为承包方，需根据具体交易模式和双方约定确定，常见情形如下：

1. 发包方（建设单位）出具
   在工程款支付义务履行完毕后，发包方作为付款方通常需主动向承包方出具结清证明，确认已按合同约定支付全部工程款。此情形适用于承包方已完成全部施工义务且无质量争议的场景，结清证明是发包方履行付款义务的书面凭证。

2. 承包方（施工单位）出具
   若合同明确约定承包方需在收到全部工程款后出具结清证明，或承包方为配合发包方财务结算、审计等需求主动出具，则可能由承包方作为出具主体。此类证明通常需附条件，如”收到最终付款后生效”或”仅证明收款事实，不免除质量保修责任”。

3. 双方共同签署
   对于存在分期付款、质量保证金等复杂支付安排的工程，双方可能通过签署《工程款结清确认书》的方式共同确认付款状态。该文件需明确已付款项、未付款项（如有）、质量保修责任划分等核心条款，具有双向约束力。

实务建议：

• 合同中应明确约定结清证明的出具主体、形式要件及法律后果，避免因约定不明产生争议
  
• 无论由哪方出具，均需留存付款凭证、验收文件等佐证材料，确保证明内容与客观事实一致
  
• 若涉及质量保证金返还，建议在结清证明中单独列明保证金条款，防止混淆付款性质
  

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