结论：清明节只放一天假并不一定违法，关键在于公司是否依法保障了员工的休息权益以及是否按规定支付了加班工资。关于其余两天是否可以拿加班工资，这取决于这两天公司是否安排了加班以及加班的性质。

一、清明节放假的法律规定

根据《全国年节及纪念日放假办法》第二条的规定，清明节作为全体公民放假的节日，放假1天（农历清明当日）。这是国家法律法规对清明节放假的具体规定。因此，公司在清明节当天应按照法律规定给员工放假。如果公司确实在清明节当日给予了员工休假，那么这一做法符合法律规定，不构成违法。

二、其余两天是否算加班及加班工资支付

1. 如果其余两天是休息日且公司未安排加班：

   • 在这种情况下，员工享受正常的休息日，公司无需支付加班工资。

2. 如果其余两天是休息日但公司安排了加班且不能安排补休：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬作为加班工资。
   • 计算公式：\(加班工资 = 加班工资的计算基数 \div 21.75 \times 200\%\)。这里的21.75天是月计薪天数。
   • 举例：假设员工的月工资为6000元，其日工资约为\(6000 \div 21.75 \approx 275.86\)元。若在调休日加班且未安排补休，其加班工资至少为\(275.86 \times 200\% = 551.72\)元。

3. 如果其余两天中包含了法定节假日（如清明节与周末相连形成三天假期，且公司未调休）：

   • 在这种情况下，如果公司安排了加班，则必须按照法定休假日的标准支付加班工资，即不低于工资的百分之三百。但需要注意的是，清明节本身只有一天法定节假日，其余天数若非通过调休形成连休，则不属于法定节假日范畴。
   • 若清明节与周末相连且公司未调休，形成三天假期，其中只有清明节当天是法定节假日：
     • 清明节当天加班：支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
     • 其余两天（周末）加班且不能安排补休：支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。

三、员工权益保障建议

• 与公司沟通：如果员工对公司的休假安排或加班工资支付有异议，首先可以尝试与公司进行沟通协商，寻求合理的解决方案。
• 投诉与维权：如果沟通无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，或者通过法律途径来维护自身的合法权益。

总结：清明节只放一天假并不必然违法，关键在于公司是否遵守了相关法律法规，合理安排了员工的休假和加班补偿。如果员工在清明节期间被安排了加班，应根据加班的性质和天数，依法获得相应的加班工资。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。