结论：虚开发票上游公司已判刑的情况下，异地下游企业一般由其所在地的税务机关或公安机关进行处理，具体处理方式需根据下游企业的违法情节和性质来决定。

分析说明：

1. 税务机关处理：

   • 如果异地下游企业涉及虚开发票的行为，但情节相对较轻，尚未构成犯罪，那么税务机关将依据《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则等相关规定，对其进行税务行政处罚。这可能包括罚款、没收违法所得、停止出口退税权等措施。
   • 税务机关在处理此类案件时，会进行详细的税务稽查，收集证据，并根据违法情节的轻重来决定处罚的种类和幅度。

2. 公安机关处理：

   • 如果异地下游企业的虚开发票行为情节严重，构成犯罪，如虚开增值税专用发票罪等，那么公安机关将依法介入调查，并可能将案件移送检察机关审查起诉。
   • 在刑事案件中，公安机关会负责侦查、取证、拘留、逮捕等刑事强制措施的实施，并将案件移送至检察机关进行公诉。检察机关则负责审查案件证据，决定是否提起公诉，并在法庭上代表国家进行诉讼。

3. 跨地区协作：

   • 在处理涉及多个地区的虚开发票案件时，税务机关和公安机关之间会加强协作和配合。例如，上游公司所在地的税务机关或公安机关可能会与异地下游企业所在地的税务机关或公安机关进行信息共享、联合调查等，以确保案件的顺利处理。

特殊场景：

• 如果异地下游企业在虚开发票案件中扮演了次要或辅助角色，且其违法情节较轻，那么可能只会受到较轻的处罚或甚至免于处罚。但这需要根据具体案件情况来判断。
• 如果下游企业能够积极配合调查，主动交代问题，并退还非法所得，那么根据相关法律法规，可能会从轻或减轻处罚。

行动建议：

• 对于异地下游企业而言，如果发现自己涉及虚开发票案件，应立即停止违法行为，并主动向当地税务机关或公安机关报告情况，配合调查。
• 企业应加强内部管理，完善财务制度，确保发票的真实性和合法性，避免类似问题的再次发生。
• 如果对案件处理有疑问或需要法律帮助，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。