商家在面对消费者指控其凭空捏造虚假功效时，应当采取以下策略进行回复和应对：
核实指控内容：
- 商家首先需要仔细核实消费者所指控的虚假功效内容，确认这些指控是否确实存在，以及是否涉及商家宣传或产品说明中的具体表述。
- 如果指控内容不实或存在误解，商家应准备相应的证据材料，如产品检测报告、权威机构认证、用户使用反馈等，以证明产品功效的真实性。
积极沟通解释：
- 商家应主动与消费者取得联系，通过友好、耐心的沟通方式，解释产品功效的真实情况，以及可能存在的误解或信息不对称问题。
- 在沟通过程中，商家应保持冷静和理性，避免情绪化回应，以免加剧矛盾。
提供证据支持：
- 如果消费者坚持指控，商家应提供充分的证据来支持自己的立场，如产品成分分析、临床试验数据、专家评价等。
- 这些证据应能够直接证明产品功效的真实性，以及商家在宣传过程中没有夸大或捏造事实。
法律途径解决：
- 如果沟通无果，且消费者持续散布不实信息，对商家声誉造成严重影响，商家可以考虑通过法律途径解决纠纷。
- 根据《中华人民共和国反不正当竞争法》等相关法律法规，商家可以起诉消费者侵犯其名誉权或商业信誉，要求消费者停止侵权行为、消除影响、赔礼道歉，并赔偿因此造成的损失。
- 具体法律依据：根据《反不正当竞争法》第十一条规定：“经营者不得编造、传播虚假信息或者误导性信息，损害竞争对手的商业信誉、商品声誉。”若消费者行为符合此条款，商家有权依法维权。
加强内部管理：
- 商家应借此机会加强内部管理，确保产品宣传和说明的真实性和准确性，避免类似纠纷的再次发生。
- 商家可以建立完善的宣传审核机制，对产品宣传内容进行严格把关，确保所有宣传信息都基于事实和数据。
公开透明回应：
- 在必要时，商家可以通过官方渠道（如官网、社交媒体等）发布公开声明，对消费者的指控进行回应和澄清。
- 公开声明应客观、公正地陈述事实真相，同时表达商家对消费者权益的尊重和保护态度。
在处理此类纠纷时，商家应始终保持专业和理性的态度，通过合法途径维护自己的权益和声誉。如果商家在应对过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。