结论：电子合同在符合法定条件的情况下是具有法律效力的，公司使用电子合同与员工签订劳动合同是有法律依据的，但公司需要证明该电子合同的真实性和有效性。
分析说明：
电子合同的法律效力：
- 根据《中华人民共和国民法典》以及《中华人民共和国电子签名法》的相关规定，电子合同与书面合同具有同等的法律效力。只要电子合同符合法律、行政法规规定的或者当事人约定的采用书面形式、合同书形式订立合同的要求，且当事人采用可靠电子签名等方式签署，该电子合同即具有法律效力。
公司使用电子合同的合法性：
- 公司使用电子合同与员工签订劳动合同，在符合上述法律规定的情况下，是合法的。电子合同可以方便双方存储、查阅和传输，提高合同管理的效率。
公司证明电子合同真实性和有效性的责任：
- 当员工对电子合同的真实性或有效性提出质疑时，公司有责任提供证据证明该电子合同的真实性和有效性。这通常包括提供电子合同的原始载体、电子签名验证报告、合同签署过程中的相关记录等。
- 如果公司无法提供充分的证据证明电子合同的真实性和有效性，那么该电子合同可能无法被法院或仲裁机构采纳作为认定案件事实的依据。
特殊场景：
- 如果员工从未见过或签署过该电子合同，且公司无法提供员工签署电子合同的证据（如电子签名验证报告、合同签署确认邮件等），那么员工可以否认该电子合同的效力，并主张公司未与其签订书面劳动合同，从而要求公司承担相应的法律责任（如支付双倍工资等）。
行动建议：
对于公司：
- 在使用电子合同与员工签订劳动合同时，应确保电子合同的签署过程符合法律规定，采用可靠的电子签名方式，并保留好相关证据（如电子签名验证报告、合同签署确认邮件等）。
- 在员工对电子合同提出质疑时，应积极提供证据证明电子合同的真实性和有效性。
对于员工：
- 如果对公司提供的电子合同有疑问，可以要求公司提供电子签名验证报告或其他相关证据来证明电子合同的真实性和有效性。
- 如果公司无法提供充分证据，员工可以咨询专业律师，了解自己的权益和可能的法律救济途径。
法律依据：
- 《中华人民共和国民法典》第四百六十九条：“当事人订立合同，可以采用书面形式、口头形式或者其他形式。书面形式是合同书、信件、电报、电传、传真等可以有形地表现所载内容的形式。以电子数据交换、电子邮件等方式能够有形地表现所载内容，并可以随时调取查用的数据电文，视为书面形式。”
- 《中华人民共和国电子签名法》第三条：“民事活动中的合同或者其他文件、单证等文书，当事人可以约定使用或者不使用电子签名、数据电文。当事人约定使用电子签名、数据电文的文书，不得仅因为其采用电子签名、数据电文的形式而否定其法律效力。”以及第十四条：“可靠的电子签名与手写签名或者盖章具有同等的法律效力。”
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