药品零售连锁门店未按规定销售处方药，责任是否由总部承担，需根据具体情况分析，不能一概而论。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律责任主体的一般原则
在法律上，责任主体通常是直接实施违法行为或造成损害后果的个体或组织。对于药品零售连锁门店而言，如果其未按规定销售处方药，首先应当考虑的是该门店作为直接责任主体的法律责任。
二、总部与门店的法律关系
独立法人关系：
- 如果药品零售连锁门店是独立法人，那么其违法行为应由门店自身承担法律责任。总部作为另一个独立法人，除非存在共同违法行为或过错，否则一般不承担门店的违法责任。
分支机构关系：
- 如果药品零售连锁门店是总部的分支机构，不具有独立法人资格，那么其违法行为可能会被视为总部的行为，总部可能需要承担相应的法律责任。但这也取决于具体法律法规的规定以及总部对门店的管理和控制程度。
三、总部的管理责任
管理义务：
- 总部对门店负有管理义务，包括确保门店遵守相关法律法规、规章制度等。如果总部未能履行其管理义务，导致门店出现违法行为，总部可能需要承担一定的管理责任。
过错原则：
- 在确定总部是否承担责任时，通常会考虑总部是否存在过错。如果总部能够证明其已经尽到了合理的管理义务，且门店的违法行为是由于门店自身的过错或独立行为导致的，那么总部可能不承担责任。
四、具体案例与司法实践
- 在司法实践中，法院会根据具体案件的事实和证据，结合相关法律法规的规定，来判断总部是否应当承担责任。这包括考虑总部的管理程度、门店的独立性、违法行为的性质等因素。
五、法律建议
对于总部：
- 总部应加强对门店的管理和监督，确保门店遵守相关法律法规和规章制度。
- 总部应建立健全内部管理制度，明确门店的职责和权限，防止门店出现违法行为。
- 如果门店出现违法行为，总部应积极配合相关部门的调查和处理工作，并采取措施防止类似事件再次发生。
对于门店：
- 门店应严格遵守相关法律法规和规章制度，确保处方药的合法销售。
- 门店应加强内部培训和管理，提高员工的法律意识和合规意识。
- 如果门店出现违法行为，应积极配合相关部门的调查和处理工作，并承担相应的法律责任。
总结来说，药品零售连锁门店未按规定销售处方药的责任是否由总部承担，需根据门店的独立性、总部的管理责任以及具体案件的事实和证据来判断。如果门店是独立法人且总部无过错，则责任一般由门店承担；如果门店是总部的分支机构或总部存在管理过错，则总部可能需要承担一定的责任。如有具体法律问题，可直接向我咨询。